Aktuality

6. 11.

New podcast episode – ELSI Dialogues: Communicating with patient citizens on implementing the European Health Data Space (EHDS)

24. 10.

Ireland’s Path to Joining BBMRI-ERIC: Highlights from the 3rd BioBANC Symposium

17. 10.

Sdílené laboratoře jsou základem výzkumných institucí

Dvě desítky odborných pracovišť ze šesti univerzitních součástí, která jsou zaměřená na vědy o živé přírodě, se představily na Core Facility Day v CEITECu Masarykovy univerzity (MU). Core facilities, neboli sdílené laboratoře jsou nezbytnou součástí výzkumných institucí a jejich úkolem je poskytovat vědcům nejen z domovské organizace moderní přístrojové vybavení, zajišťovat jeho provoz a nabízet další odborné služby pro výzkum. Na letošním ročníku akce spolupracovaly a prezentovaly své core facility kromě CEITEC MU i přírodovědecká, lékařská a farmaceutická fakulta, fakulta sportovních studií a Ústav výpočetní techniky MU. Prorektorka pro výzkum a doktorské studium MU Šárka Pospíšilová v svém úvodním slově připomněla, že Masarykově univerzitě patří v nabídce výzkumné infrastruktury vedoucí pozice nejen v České republice, ale patří v této oblasti mezi evropskou špičku. „Jako vědkyně musím říct, že je důležité si občas jednotlivá zařízení prohlédnout a přemýšlet o možnostech jejich využití ve výzkumu,“ podotkla prorektorka Pospíšilová, která vede v CEITECu výzkumnou skupinu Lékařská genomika. Představila také projekt BioPharma Hubu, který by měl do dvou let opět rozšířit možnosti výzkumu i jeho aplikací na MU. Účastníci akce měli unikátní příležitost nahlédnout pod pokličku tohoto projektu podrobněji ještě během dne, kdy se prezentovaly také core facility, které najdou místo právě v BioPharma Hubu, a to PreclinCentre přírodovědecké a lékařské fakulty a také GMP jednotka pro výrobu malých šarží léčiv farmaceutické fakulty. Ty začnou své slulžby nabízet během roku 2026. Zástupce ředitele CEITEC MU pro výzkumnou infrastrukturu Jiří Nováček přiblížil v úvodní přednášce fungování sdílených laboratoří, kterých je aktuálně na CEITEC MU jedenáct. „Naše zařízení jsou otevřená celé akademické komunitě v České republice i v zahraničí a také průmyslu na principu open access,“ zdůraznil základní princip takzvaných Core facilities. Sdílené laboratoře jsou samostatné organizační jednotky, které nejsou navázané na žádný konkrétní výzkum či vědeckou skupinu, což zaručuje rovnocenný přístup všem zájemcům o jejich využití. Mají své vedoucí a týmy, které se starají o jejich chod, ale i rozvoj a vzdělávání uživatelů. Výhodou sdílených laboratoří není jen možnost přístupu k přístrojovému vybavení ale především k know-how jejich pracovníků. Ti si totiž musí udržovat kontakt s nejnovějšími metodami daného výzkumu a musí být schopní vědcům pomáhat nejen se technickými záležitostmi, ale často i s návrhy, jak konkrétní výzkum provést. Aby mohl vědec využít sdílenou laboratoř, musí se domluvit s jejím vedoucím, rezervovat si čas a konkrétní zařízení či služby a samozřejmě také za vše zaplatit. „Naše sdílené laboratoře jsou součástí národních výzkumných infrastruktur, a tedy podporované státem. Díky tomu jsou poplatky za jejich využívání nízké, tvoří zhruba desetinu skutečných nákladů,“ připomněl Nováček. Doplnil, že v loňském roce je využilo přes osm set uživatelů jak z MU tak ze 77 externích akademických institucí a deseti firem. Uživatelé byli z 25 zemí. Od roku 2015 jsou pak jeho sdílené laboratoře zmíněny ve více než devíti stovkách vědeckých publikací. Letošní Core Facility Day představil zájemcům jednotlivé laboratoře jednak v rámci čtyř bloků prezentací a také formou exkurzí. Laboratoř bioinformatiky Jednou z prezentovaných byla Centrální laboratoř bioinformatiky, kterou vede Vojtěch Bystrý. „Zabýváme se analýzou sekvenačních dat, která vznikají čtením genetické informace v buňkách.“ Laboratoř se zaměřuje na rutinní zpracování těchto dat, včetně jejich bezpečného ukládání, a na použití specializovaných softwarových nástrojů pro jejich analýzu a interpretaci. Zároveň se věnuje vývoji nových metod a nástrojů pro zpracování dat. „V loňském roce můj kolega Vlastimil Martínek ve spolupráci s americkými National Institutes of Health publikoval článek o využití AI modelů pro detekci RNA modifikací ve výzkumu stárnutí,“ uvedl Bystrý příklad toho, že pracovníci laboratoře jsou vysoce kvalifikovaní odborníci, kteří aktivně přispívají k vývoji různých vědních disciplín. Jeho laboratoř se v současnosti zaměřuje na vývoj v oblasti AI modelování sekvencí, kdy se nejmodernější neuronové sítě a nástroje umělé inteligence používají k integraci dat. To umožňuje lepší interpretaci sekvenačních dat. „AI modely dokážou velmi efektivně popsat složité systémy, jako je lidský jazyk, a věříme, že obdobně dokážou popsat i jazyk buněk reprezentovaný sekvencemi DNA či RNA. To nám může pomoci nejen lépe porozumět tomu, co se v genetické informaci skutečně skrývá a jak přesně funguje, ale také tuto informaci využít v medicíně, například při výzkumu nových léčebných metod nebo pro diagnostiku nemocí.“ Další důležitou oblastí činnosti laboratoře je vzdělávání. „Momentálně připravujeme kurz, který by měl molekulárním biologům pomoci provádět datové analýzy výsledků sekvenačních experimentů samostatně, pouze s pomocí AI. Také se podílíme na přípravě nového studijního programu Bioinformatika, který bude brzy spuštěn na Masarykově univerzitě. V jeho rámci bychom chtěli učit bakalářské a magisterské studenty zpracování sekvenačních dat a využití AI v datové analýze,“ dodal Bystrý. Obdobně pak pracují sdílené laboratoře, které se věnují například mikroskopii, nanobiotechnologiím, buněčnému zobrazování, genomice, proteomice, rostlinnému výzkumu, nebo funkčnímu zobrazování. Co se chystá Význam MU v oblasti sdílených laboratoří podtrhuje také fakt, že CEITEC MU bude v příštím roce hostit mezinárodní kongres zaměřený na tuto oblasti. Core Technologies for Life Sciences se koná každé dva roky na jiné evropské instituci a je zaměřená na lidi, kteří se pohybují v této oblasti, od manažerů laboratoří po laboranty. Pro zástupce českých infrastruktur tak otevírá možnost představit se a navázat nové spolupráce se zahraničními kolegy. Registrace na kongres včetně možnosti podat abstrakt je již otevřená. V příštím roce by také chtěl Odbor výzkumu rektorátu MU představit další sdílené laboratoře fungující na MU, a to ty, které se zaměřují na oblast sociálních a humanitních věd. Patří k nim například Laboratoř pro experimentální humanitní vědy (HUME Lab) na filozofické fakultě, Laboratoř experimentální ekonomie (MUEEL) na ekonomicko-správní fakultě nebo Generations and Gender Programme (GGP) na fakultě sociálních studií. Přehled všech laboratoří, která MU nabízí, najdou zájemci na stránkách univerzity. Původní článek

14. 10.

BBMRI-ERIC launches 10-Year Roadmap: Biobanking for a Healthier World

14. 10.

European Life Science Research Infrastructures (LS-RIs) Launch FP10 Position Paper

8. 10.

5th Joint Call for Users

The Extreme Light Infrastructure (ELI) is pleased to announce the launch of the 5th ELI User Call with submissions open until 29th October. Researchers and scientists worldwide are invited to submit their proposals which will be evaluated based on scientific excellence by an international peer-review panel. This Call continues to support a wide range of experiments, leveraging the cutting-edge equipment of: * ELI ALPS in Szeged, Hungary * ELI Beamlines in Dolní Břežany, Czech Republic * ELI NP in Măgurele, Romania The complete scientific offer is available on the ELI User Portal, including information about the application and review process. Proposers are strongly encouraged to contact the technical instrument contacts listed or the ELI User Office [user-office[@]eli-laser.eu]. For more detailed information visit: https://up.eli-laser.eu Proposal Submission Deadline: 29 October 2024; 23:55 CEST New User Office System With this Call a new integrated User Office System (UOS) is introduced to enable more streamlined access to information, training and management of the proposal lifecycle. All Users will require an account to submit proposals. Experimental Period The experimental period for awarded Call 5 proposals is April-October 2025. Future Calls ELI announces bi-annual User Calls in Spring and Autumn. This pattern underscores the commitment to making the facilities available to a growing number of users. Accordingly, the 6th Call is expected to launch in March 2025. The ELI User Office manages user access across the ELI ERIC Facilities, providing researchers with a single point of contact for all proposals, inquiries, and support. The goal is to deliver a consistent user experience and facilitate groundbreaking research. For any questions or further information, please reach out to the ELI User Office at user-office[@]eli-laser.eu. The Extreme Light Infrastructure is the world’s most advanced laser-based research infrastructure. The ELI Facilities provide access to a broad range of world-class high-power, high-repetition-rate laser systems and secondary sources. This enables cutting-edge research and new regimes of high-intensity physics in physical, chemical, medical, and materials sciences. Stay up-to-date by visiting the ELI User Portal or sign up for the mailing list to receive regular news about the ELI User Calls as well as key information about ELI.

2. 10.

Přihlášky do studentských programů CERN předkládejte do 4. listopadu 2024

Studenti českých vysokých škol mají díky dohodě Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) s CERN větší šanci uspět ve výběrových řízeních do studentských programů CERN. O podporu v rámci programů se mohou ucházet studenti českých vysokých škol z technických oborů doktorského, magisterského i bakalářského studia, a to např. v oborech, jakými jsou aplikovaná fyzika, IT, strojírenství, elektronika, robotika, matematika apod. Programy nabízí příležitosti rovněž pro studenty tzv. „administrativních oborů“, jakými jsou finance, právo, logistika, tlumočnictví apod. Doktorský program CERN umožňuje studentům převážně technických oborů pracovat v CERN na své dizertační práci. O stáž se mohou ucházet studenti působící v oborech, jakými jsou aplikovaná fyzika, IT, strojírenství, elektronika, robotika, matematika apod. Délka trvání stáže je od 6 do 36 měsíců. Technický program CERN je určen pro studenty bakalářského a magisterského stupně. O stáž se mohou ucházet studenti působící v oborech, jakými jsou aplikovaná fyzika, IT, strojírenství, elektronika, robotika, matematika apod. Délka trvání stáže je od 4 do 12 měsíců. Do programu je každoročně vybíráno na 120 studentů. Administrativní program CERN se zaměřuje na studenty ekonomických a humanitních oborů, jakými jsou právo, finance, ekonomika, logistika, tlumočnictví, personalistika apod. Délka trvání stáže je od 2 do 12 měsíců. Aktuální termín pro podávání přihlášek do studentských programů CERN je stanoven na 4. listopadu 2024. Absolventi českých vysokých a středních škol mohou podávat přihlášky do Absolventských programů CERN s podporou MŠMT. Více informací naleznete na webových stránkách CERN v odkazech výše, popř. kontaktujte Ing. Ondřeje Nováka z odboru výzkumu a vývoje MŠMT na adrese ondrej.novak@msmt.cz. Stáže jsou ze strany CERN placené ve výši od 3 400 CHF měsíčně. Complex manoeuvres to install the Superconducting Link system on the HL-LHC IT String platform (Image: CERN)

23. 9.

Workshopy se zaměřením na výzkumné infrastruktury na Dnech vědy, výzkumu a inovací 2024

12. září 2024 se v rámci 1. ročníku konference Dny vědy, výzkumu a inovací 2024, jež se konala v prostorách výzkumného centra CEITEC Masarykovy univerzity v Brně, uskutečnily workshopy zaměřené na administraci výzkumných infrastruktur ČR. Radka Wildová, vrchní ředitelka sekce vysokého školství, vědy a výzkumu MŠMT Při zahájení konference uvedla Radka Wildová, vrchní ředitelka sekce vysokého školství, vědy a výzkumu MŠMT: „Téma vědy, výzkumu a inovací je natolik zásadní a obsáhlé, že považujeme za nutné věnovat mu dostatek času a prostoru na samotné akci. Rádi bychom otevřeli tradici setkávání významných aktérů z oblasti vědy, výzkumu a inovací nad aktuálními tématy, jako jsou velké výzkumné infrastruktury, příprava 10. rámcového programu EU, hodnocení vysokých škol v roce 2025“. Marek Vyšinka, vedoucí oddělení pro výzkumné infrastruktury MŠMT Výzkumným infrastrukturám byly pak věnovány dva workshopy zasazující jejich činnost do systému podpory vědy v České republice a osvětlující jejich mezinárodní přesah. Pracovníci MŠMT posluchačům z řad infrastruktur komunikovali vhodný způsob vykazování pro monitorování činnosti velkých výzkumných infrastruktur a nastínili problematiku hodnocení socioekonomických přínosů, jež bude v následujícím cyklu mezinárodního hodnocení infrastruktur zdůrazněna. Jan Buriánek, oddělení pro výzkumné infrastruktury VaVaI je klíčovou oblastí pro podporu konkurenceschopnosti a řešení současných společenských výzev. Zaměřuje se na rozvoj inovací, propojení výzkumu s praxí a zajištění efektivní podpory pro výzkumné organizace včetně univerzit. Dny vědy, výzkumu a inovací 2024 mohou významně přispět k posílení spolupráce mezi akademickou sférou, veřejnými institucemi a průmyslem, čímž se zvýší přenos výsledků výzkumu do praxe a podpoří se inovativní řešení v různých odvětvích.