Projekt CanSERV - akcelerátor poznatků v personalizované onkologii
CanSERV - Špičkové služby v rámci pokročilé personalizované medicíny - Pro vědce zaměřené na rakovinu ZDARMA - prodlouženo do 25.5.2023
Aktuality
Zajímavosti
-
Webinář na téma Využití dat ESS v kontextu COVID-19
Zveme vás na úvodní setkání z nové série policy webinářů Evropského sociální výzkumu (ESS ERIC). Webinář na téma Využití dat ESS v kontextu COVID-19 se koná 15. června 2020 ve 12.00 GMT. Účast na webináři je zdarma, po registraci na webu City University of London. Akce je pořádána v angličtině. Cílem nové série webinářů je představit možnosti využití dat ESS při zpracování politicky aktuálních témat. Dnešní setkání bude zaměřeno na studie využívající ESS data o sociální a interpersonální, ale i politické důvěře v kontextu pandemie COVID-19 v Evropě. Na webináři vystoupí Atte Oksanen (Tampere Unversity) a Markus Kaakinen (University of Helsinki) s tématem „Regulation and Trust: 3-Month Follow-up Study on COVID-19 Mortality in 25 European Countries“. Jako druhý řečník se představí Olivier Bargain (Bordeaux University), jehož tým v květnu publikoval studii využívající data ESS o politické důvěře v kombinaci s Google mobility reports k ověření toho, jak úroveň politické důvěry ovlivňuje dodržování karanténních opatření v různých evropských regionech. Obsah obou prezentací bude komentovat Piergiuseppe Fortunato (United Nation Conference for Trade and Development, UNCTAD), webinář moderuje prof. Rory Fitzgerald. Bližší informace k webináři, včetně medailonků přednášejících a dalších podrobností k akci.
-
Data Management Expert Guide – nově i ke stažení
Data Management Expert Guide (DMEG) je online dostupný výukový modul, který slouží jako praktický a přehledný zdroj informací o archivaci a správě výzkumných dat. DMEG obsahuje několik kapitol, které srozumitelně vysvětlují základní know-how, jenž stojí za efektivním managementem datových souborů a metadat. Kapitoly postupně představují životní cyklus výzkumných dat od plánování, organizace a dokumentace přes zpracování, uložení a ochranu dat až po jejich publikaci. DMEG byl vytvořen kolektivem autorek a autorů z řad datových manažerů archivů sdružených v konsorciu CESSDA (Consortium of European Social Science Data Archives). Na třech ze sedmi kapitol výukového modulu se podíleli i odborníci z Českého sociálněvědního datového archivu (ČSDA), který je členem CESSDA. DMEG cílí nejen na akademické i neakademické publikum ze sociálněvědní oblasti, kterému chce pomoci správně nakládat s výzkumnými daty a naučit je s nimi účelně pracovat. Jedním z cílů výukového modulu je i šíření principů tzv. férových dat (FAIR), tedy dat, která jsou dobře vyhledatelná (Findable), dostupná (Accessible), použitelná v návaznosti na jiná data a systémy (Interoperable) a znovu použitelná (Reusable). DMEG svým čtenářům postupně představuje jednotlivé kroky, které standardní management sociálněvědních dat obnáší. Úvodní kapitola definuje datový management a vysvětluje principy sdílení dat. Představuje také tzv. Data Management plan (DMP), tedy standardizovaný postup správy výzkumných dat. Následující kapitola „Organise & Document” seznamuje se základy organizace datových sad a metadat. Kapitola “Process” vysvětluje, jak nejlépe provádět vkládání dat a kódování, pomáhá při volbě formátu datových souborů a dává tipy na správu verzí souborů. Kapitola “Store” představuje různé možnosti ukládání a zálohování dat a ukazuje jejich výhody a nevýhody. Také nabízí rady, jak chránit data před neoprávněným přístupem. Kapitola “Protect” přibližuje právní a etické závazky producentů dat a zaměřuje se na témata informovaného souhlasu, anonymizace dat, copyrightu a kontroly přístupu k datum. Předposlední kapitola „Archive & Publish“ poskytuje přehled datových archivů, které mohou producenti dat využít pro sdílení a archivaci dat. Navazující kapitola „Discover“ je určena výzkumníkům a studujícím, kteří hledají zdroje dat pro sekundární analýzu. Zprostředkovává informace o datových archivech a výzkumných projektech, které zpřístupňují data využitelná pro vlastní výzkumnou práci. DMEG je dostupný prostřednictvím webové stránky CESSDA věnované výukovým aktivitám. Je možné jej prohlížet online nebo si ho stáhnout ve formátu PDF a používat ho jako příruční materiál, ať už pro vlastní potřebu nebo pro účely výuky.
-
e-INFRA CZ pomáhá urychlit zmapování kolektivní imunity vůči koronaviru
Členové výzkumných infrastruktur e-INFRA CZ a ELIXIR CZ, sdružení CESNET a Centrum CERIT-SC Masarykovy univerzity, zareagovali na aktuální potřebu výpočetní techniky v infrastruktuře EATRIS-CZ, která je lokalizovaná na Ústavu molekulární a translační medicíny Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci (ÚMTM), a patří mezi přední akademická pracoviště zapojená do laboratorního testování na nemoc COVID-19. ÚMTM a EATRIS.CZ vytvořily několik softwarových aplikací na podporu laboratorní diagnostiky a také klinického hodnocení komunitní imunity proti koronaviru SARS-CoV-2 způsobujícího nemoc covid-19. CESNET a CERIT-SC zajistily rychlé dodání výkonné výpočetní techniky od společnosti M Computers, poskytly potřebné know-how a dále spolupracují na zajištění výpočetní a úložné infrastruktury pro zpracování dat z probíhajícího měření kolektivní imunity. Firma M Computers obstarala a dlouhodobě zapůjčila špičkové technické vybavení pro sběr, ukládání a zpřístupnění dat v reálném čase ze všech testujících nemocnic i laboratoří. Zajistila také propojení s odběrovými místy tak, aby celý proces probíhal bez zbytečných prodlev. Odborníci z CESNET a CERIT-SC pomohli s konfigurací poskytnutého hardwaru a zapojují se do průběžné optimalizace celého systému. „Oslovila nás výzva docenta Mariána Hajdúcha, ředitele Ústavu molekulární a translační medicíny, o pomoc s výpočetní technikou, se kterou se prostřednictvím médií obrátil na vědecké a výzkumné instituce,“ uvedl prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., ředitel Centra CERIT-SC a Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity. „Naším cílem bylo pomoci co nejdříve zprovoznit a dále optimalizovat systém sběru a zpracování výsledků testů, který vyvíjejí odborníci z Univerzity Palackého v Olomouci,“ vysvětluje ředitel sdružení CESNET Ing. Jan Gruntorád, CSc. „Tato podpora uspíšila nasazení systému pro sběr dat a zpracování výsledků studie kolektivní imunity SARS-CoV-2, a současně zrychlí přípravu na tzv. Chytrou karanténu v České republice,“ doplňuje ředitel Ústavu molekulární a translační medicíny doc. MUDr. Marián Hajdúch, Ph.D. Výzkumná infrastruktura e-INFRA CZ se snaží přispět k co nejlepšímu zvládnutí pandemie i dalšími aktivitami. Státní správě i akademické a vědecké obci nabízí potřebnou odbornou součinnost při realizaci přijatých opatření. Další informace je možné nalézt na webové stránce.
-
Radislav Sedláček zvolen novým předsedou ESFRI SWG pro zdraví a potraviny
Delegace členských států EU a asociovaných zemí sdružené v rámci Evropského strategického fóra pro výzkumné infrastruktury (ESFRI) zvolily doc. Radislava Sedláčka, Ph.D. předsedou Strategické pracovní skupiny ESFRI pro zdraví a potraviny. Tato pracovní skupina představuje jednu z odborných platforem ESFRI, zaměřující se na mapování a analýzu prostředí evropských výzkumných infrastruktur, které jsou provozovány v oblastech biologických a lékařských věd a v oblasti potravin. Jejím primárním účelem je monitorovat a hodnotit stav implementace takto zaměřených evropských výzkumných infrastruktur a identifikovat mezery v prostředí biomedicínských a potravinově zaměřených evropských výzkumných infrastruktur. Strategická pracovní skupina ESFRI pro zdraví a potraviny se zaměřuje dále i na posilování vzájemné spolupráce mezi věcně příslušnými evropskými výzkumnými infrastrukturami a tematicky příbuznými iniciativami a programy a na maximalizaci jejich přínosů a dopadů při řešení stěžejních socioekonomických výzev současnosti. Radislav Sedláček Radislav Sedláček je jedním z předních českých odborníků působících v oblasti molekulární genetiky a genového editování, a to zejména v přípravě genově modifikovaných myších modelů sloužících k poznání lidských nemocí. Od roku 2008 působí v Ústavu molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. a od roku 2012 je ředitelem velké výzkumné infrastruktury CCP (České centrum pro fenogenomiku). CCP je dlouholetým členem evropské výzkumné infrastruktury pro fenotypizaci a archivaci myších modelů INFRAFRONTIER (European Research Infrastructure for the Generation, Phenotyping, Archiving and Distribution of Model Mammalian Genomes), přičemž díky své komplexní expertíze od tvorby mutatních modelů až po znalost studovat funkci genů nebo jejich mutací se zapojuje i do celosvětového konsorcia IMPC (International Mouse Phenotyping Consortium), s jehož členy spolupracuje na velmi ambiciózním cíli, kterým je popsání funkce všech savčích genů. V roce 2019 se CCP stalo také členem konsorcia výzkumné infrastruktury EurOPDX. CCP – České centrum pro fenogenomiku
-
CZECRIN podporuje klinické studie se zaměřením na léčbu COVID-19
Výzkumná infrastruktura CZECRIN (Český národní uzel Evropské sítě infrastruktur klinického výzkumu) nabízí svou podporu, služby a expertízu pro všechny výzkumně orientované lékaře s cílem zapojit své síly při rychlém přístupu pro iniciaci národních a zejména nadnárodních klinických studií. CZECRIN je součástí evropské výzkumně-infrastrukturní sítě ECRIN-ERIC (European Clinical Research Infrastructure Network). Pro účely sdílení aktuálních informací v oblasti klinických studií v boji s koronavirem byla výzkumnou infrastrukturou založena speciální webová stránka https://www.czecrin.cz/covid-19. Hlavním zájmem výzkumné infrastruktury je prostřednictvím této webové stránky informovat nejen odbornou, ale i laickou veřejnost o všech běžících, jakožto i plánovaných aktivitách směrem ke klinickému výzkumu, a tím také uvědomit další výzkumná zařízení o možné pomoci ze strany CZECRIN. Jednou z organizačních součástí CZECRIN je mj. i NATIONAL CTUs NETWORK, tvořený zástupci oddělení klinických studií jednotlivých zdravotnických zařízení. Tato výzkumná infrastruktura se zapojila do boje s koronavirem SARS-CoV-2 – zmapovala zájem zdravotnických zařízení o zapojení se do jednotlivých klinických studií se zaměřením na léčbu pacientů s onemocněním COVID-19. „Na základě rozvíjených kontaktů primárně s jednotlivými zapojenými nemocnicemi máme ideální možnost zjistit, koordinovat a přehledně zmapovat aktivity těchto zařízení. Naším cílem je také aktivně pomoci s podporou jednotlivých zařízení v oblasti administrativních kroků a motivovat tak tyto instituce, aby se do studií opravdu zapojovaly“, říká Dr. Lenka Součková, koordinátorka NATIONAL CTUs NETWORK. Postoj jednotlivých zdravotnických zařízení k zapojení se do konkrétních studií můžete nalézt na webové stránce https://www.czecrin.cz/zdrav-zarizeni-covid-19. Kromě této aktivity iniciovali zástupci výzkumné infrastruktury také mezinárodní studii CZECRIN COVID-19, zaměřenou na hodnocení účinnosti a bezpečnosti kombinace hydroxychlorochinu a azithromycinu u hospitalizovaných pacientů s akutním respiračním postižením, vyžadujícím oxygenotherapii. V rámci tohoto kroku spojili koordinátoři studie síly se zástupci slovenské sítě SLOVACRIN. Tato spolupráce může přinést širší spektrum získaných výsledků o dopadu léčby. „Jako další krok v našich aktivitách k léčbě COVID-19 jsme iniciovali vlastní studii, která se zaměřuje nejen na klinickou účinnost a bezpečnost kombinace hydroxychlorochinu a azithromycinu, ale zabývá se také klíčovými imunologickými parametry, jejich vývojem v čase a také monitoringem specifických protilátek u pacientů s nemocí COVID-19. Spolupráce s kolegy ze slovenského hubu SLOVACRIN pro nás byla logickým krokem a věříme, že může přinést hodnotné informace při léčbě tohoto onemocnění“, řekla doc. Regina Demlová, hlavní koordinátorka CZECRIN. Vedení CZECRIN se také rozhodlo v době epidemiologické situace nabídnout výzkumnou kapacitu i administrativní podporu dalším zařízením, které se zabývají zjištěním možné příčiny a léčbou virového onemocnění COVID-19. Zájemci o bližší informace mohou zástupce CZECRIN kontaktovat prostřednictvím doc. MUDr. Reginy Demlové, Ph.D.; +420 725 828 385.
-
Evropské výzkumné infrastruktury pro chytřejší budoucnost: online konference
The “European research infrastructures for a smarter future” conference will be held on 15th May 2020, and will be fully digital. The event is open to all participants, and is hosted by the Croatian Presidency of the Council of the EU, as part of the Future of Research Infrastructures in European Research Area event. Background information Addressing the big challenges of the 21st century requires a new ambition for European science. Research infrastructures are key elements in providing the necessary data and services for European scientists to conduct cutting-edge research in a variety of scientific fields and for European businesses to develop new products and services. They give us tools to understand better our universe, our planet and ourselves as humans. As European research infrastructures form the backbone of our competitiveness in science and innovation, their quality and the ability to provide the needed services and data largely determines our capacity to produce the new knowledge, innovation and understanding that Europe needs to tackle the challenges we face. A new way of working is also necessary, with scientific disciplines joining forces to bring holistic responses. Our shared investments in research Infrastructures in the last decades have equipped us with some of the most advanced and sophisticated facilities in the world. It is now vital to harness the full potential of these research infrastructures to deal with complex questions and more effectively serve industry, to contribute to education and jobs and to improve citizens’ lives. We need a stronger focus on the direction and societal impact of our shared investments. Recognising the demand for European science to effectively support the needed economic, social and environmental transitions, the European Strategy Forum on Research Infrastructures (ESFRI) in the “ESFRI White Paper: Making Science Happen – A New Ambition for Research Infrastructures in the European Research Area” lays out the specific role research infrastructures can and should play in this context. Overview of concept and objectives The overall objective of the conference is to explore the potential of European Research Infrastructures to make a meaningful impact on the European strategic agendas and identify the ways in which this could be achieved. The outcome of this high-level digital event will provide a new impetus for the European research infrastructure policy, supporting full realisation of the potential of the European Research Area to drive the necessary changes in our economy and society. The conference will provide a platform for discussion and dialogue between policy, research and industry stakeholders on the changes that are necessary to address the big challenges of our times. It will also increase the visibility of opportunities provided by Research Infrastructures and promote partnership between business and academia. More information on the conference programme are available on the ESFRI dedicated website.
-
Covid-19 datový portál umožňuje sdílet data z výzkumů SARS-CoV-2
Díky společnému úsilí Evropské komise, EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute of the European Molecular Biology Laboratory), ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information) a projektu COMPARE, jakož i členských států EU a dalších partnerů byl zaveden nový nástroj umožňující rychlé shromažďování a sdílení dat dostupných z výzkumů nového druhu koronaviru SARS-CoV-2, resp. jím způsobovaného onemocnění Covid-19 – Covid-19 Data Portal. Tato platforma poskytuje otevřené, důvěryhodné a dále rozšiřitelné evropské a globální datové prostředí a umožní vědcům ukládat a sdílet soubory dat, jako jsou sekvence DNA, proteinové struktury, data z preklinického výzkumu a z klinických hodnocení, jakož i epidemiologická data. Platforma je také prioritním pilotním programem zaměřeným na implementaci cílů evropské iniciativy EOSC (European Open Science Cloud) a navazuje na zavedené sítě mezi EMBL-EBI a infrastrukturami členských států EU působícími v oblasti veřejného zdraví. Covid-19 datový portál Na základě klíčových zásad ERA (European Research Area) podpořili ministři všech členských států EU s gescí za agendu výzkumu 10 prioritních akcí Akčního plánu ERAvsCorona, který zahrnuje krátkodobá opatření, založená na koordinaci, spolupráci, sdílení dat a úsilí členských států EU a Evropské komise, v reakci na pandemii SARS-CoV-2 / Covid-19. EU podniká významné kroky v boji proti pandemii. Stovky milionů EUR směřují na podporu výzkumných a inovačních opatření na vývoj očkovacích látek, nových léčebných postupů, diagnostických testů a lékařských systémů za účelem zabránění dalšího rozšiřování pandemie. Bližší informace jsou k dispozici v tiskové zprávě Evropské komise. Datová infrastruktura portálu Covid-19. Ilustrace: Spencer Phillips
-
Dopady COVID-19 na šetření ESS Round 10
Celosvětová pandemie nemoci COVID-19 způsobená novým typem koronaviru SARS-CoV-2 a opatření přijatá státy za účelem omezení jejího šíření mají dalekosáhlé důsledky také pro připravované šetření ESS Round 10. Tato vlna šetření by měla začít na podzim 2020. Vzhledem k současné situaci nicméně nelze očekávat, že sběr dat proběhne podle dosavadních zvyklostí. Hlavní vědecký tým (CST) ESS ERIC (European Social Survey) vydal proto po konzultacích s národními vědeckými týmy, včetně českého národního uzlu ESS-CZ, doporučení, aby začátek sběru dat v zúčastněných zemích nastal až do dne 1. března 2021. Koronavirová krize může také ovlivnit sběr dat metodou osobního (face-to-face) dotazování a mít negativní dopad zejména na výslednou návratnost (response rate). CST a národní týmy proto budou dále spolupracovat na přípravě alternativních metod sběru dat. V úvahu připadá zejména video-rozhovor. CST a národní týmy se také dohodly, že plánovaná výzkumná témata ESS Round 10, kterými jsou Chápání a hodnocení demokracie a Digitální sociální kontakty v pracovním a rodinném životě, doplní také otázkami ke COVID-19. ESS-CZ – Český národní uzel ESS (European Social Survey)