Projekt CanSERV - akcelerátor poznatků v personalizované onkologii
CanSERV - Špičkové služby v rámci pokročilé personalizované medicíny - Pro vědce zaměřené na rakovinu ZDARMA - prodlouženo do 25.5.2023
Aktuality
Zajímavosti
-
ELI Beamlines umožňuje výzkum SARS-CoV-2 ve zrychleném režimu
To support the investigation of the SARS-CoV-2 virus characteristics and the development of possible vaccine and treatments ELI Beamlines offers rapid access to the experimental cluster for advanced ultrafast optical spectroscopy and X-ray diffraction for research related to Covid-19. More information about the ELI Beamlines scientific cluster for advanced ultrafast optical spectroscopy and X-ray diffraction can be found HERE. Proposals and experiments will be supported by Research Programme 4 for Applications in Molecular, Bio-medical and Material Science, jointly with the ELIBIO Project teams. More information on available support (bio and bio-chemical) labs is available HERE. Please use the application form to describe the planned experiment. ELI Beamlines has experiences also working with samples delivered for experiments, but without the user being present at the facility. This more of operation can also be used for experiments performed within the present Covid-19 call. ELI Beamlines is a part of the ELI (Extreme Light Infrastructure) pan-European project, representing a unique tool of support of scientific excellence in Europe. ELI Beamlines aims to operate the world’s most intense laser system. With ultra-high power 10 PW and concentrated intensities of up to 1024 W/square cm, ELI Beamlines offer users a unique source of radiation and rays of accelerated particles. These beamlines are enable pioneering research not only in physics and material science, but also in biomedicine and laboratory astrophysics and many other fields. Extreme Light Infrastructure – ELI Beamlines
-
CATPRO nabízí své kapacity v boji s onemocněním Covid-19
Výzkumná infrastruktura CATPRO (Katalytické procesy pro efektivní využití uhlíkatých energetických surovin), vybudovaná nově v rámci kapacit výzkumného a vývojového centra UniCRE, pracuje v oblasti experimentální chemie se zaměřením na přenos laboratorního vědeckého výzkumu do větších, resp. realizačních měřítek, a to s využitím vysoce sofistikovaných pilotních a testovacích aparatur. CATPRO má potenciál – v kontextu událostí odehrávajících se v souvislosti s šířením nemoci Covid-19 – přispět experimentálními výzkumnými pilotními chemickými aparaturami při vývoji prostředků pro zmírnění šíření nemoci Covid-19. Základní charakteristiky experimentálních pilotních jednotek CATPRO jsou následující – nepřetržitý provoz; objem výzkumných reaktorů od 10 do 2000 ml; teploty do 500 °C; tlaky do 20 MPa; možnost studií a výzkumu chemických syntéz, katalytických reakcí typu hydrogenace, selektivní hydrogenace, hydrogenační štěpení, oxidace-redukce, deoxygenace atd. Reaktorové sestavy jsou doplněny pilotními a poloprovozními destilačními kapacitami. Soubor pokusných aparatur je přímo nebo nepřímo napojen na rozsáhlý soubor analytických rozborů prováděných na té vůbec nejmodernější analytické technice. V pilotních podmínkách je možné provádět chemické operace s objemem v řádu desítek až stovek litrů. Výzkumná infrastruktura CATPRO, ustavená v rámci kapacit výzkumného a vývojového centra UniCRE, představuje unikátní infrastrukturu pro výzkum, vývoj a inovace v ČR i mezinárodním měřítku. CATPRO představuje plně transparentní prostředí, které poskytuje komplexní kapacity a zdroje pro získávání vědeckých poznatků v chemii a pro přenos laboratorních výsledků do realizačních měřítek. CATPRO – Katalytické procesy pro efektivní využití uhlíkatých energetických surovin
-
BBMRI-CZ v reakci na pandemii SARS-CoV-2 v oblasti diagnostiky
Masaryk Memorial Cancer Institute in Brno designed 3D printer drawing of nasopharyngeal (sampling swabs) and printed the plastic base of the sampling stick on 3D printer from the PETG material. After sterilization with ethanol-based disinfection, sampling stick was furnished with polyester wadding and subjected to sterilization at 75°C for 30 min. The newly invented swab stick is flexible enabling mucus collection from the nasal cavity without hurting patients. Having this option in place we overcome the imminent lack of commercially available supplies we are now facing. There was an inactivation medium based on a strong chaotropic agent 4 M guanidium thiocyanate for protein denaturation, citrate for ion chelation and subsequent RNase inactivation, sarcosyl detergents and finally 2-mercaptoethanol in a concentration above 20 mM for degradation of mucus and virucidal action for coronavirus invented in the Masaryk Memorial Cancer Institute in Brno as well. Applicability of both innovations, home-made sampling swabs and denaturation/inactivation media, and their suitability for SARS-CoV-2 detection in biological specimen has been tested and verified. For more information click here Masaryk Memorial Cancer Institute in Brno, Czech Republic, is a tertiary cancer care-oriented hospital accredited by the Organisation of European Cancer Institutes (OECI) as a Clinical Cancer Centre, which integrates comprehensive cancer care with cancer research. It is also the host institution of BBMRI-CZ, Czech national node to the BBMRI-ERIC pan-European network (Biobanks and Biomolecular Resources Research Infrastructure Consortium), collecting and storing human biological material and associated clinical data. BBMRI-CZ – Bank of Clinical Specimens
-
Evropské výzkumné infrastruktury spojují své síly proti SARS-CoV-2
Speciální webové stránky – www.esfri.eu/covid-19 – byly ustaveny a jsou průběžně aktualizovány za účelem zprostředkovávání nabídek zařízení a služeb národních a evropských výzkumných infrastruktur pro vědce, zdravotnický personál a správce zdravotních systémů zápolících s onemocněním Covid-19. Zažíváme zdravotní krizi v posledních desetiletích bezprecedentních rozměrů. Každým dnem jsou tisíce a tisíce Evropanů nakaženy virem SARS-CoV-2 a počet těch, jež onemocnění podlehnou, rychle stoupá. Evropa proto potřebuje koordinovat veškeré své dostupné znalosti a zdroje pro boj s pandemií Covid-19. Koordinované výzkumné aktivity a služby pro vědce, jakož i včasné sdílení dat jsou v tomto ohledu zcela klíčové. Kapacity zprostředkovávané evropskými výzkumnými infrastrukturami pro dosažení znalostního řešení pandemie Covid-19 jsou nesmírně důležité. Jakožto součást opatření vycházejících z evropské úrovně Evropské strategické fórum pro výzkumné infrastruktury (ESFRI) koordinuje aktivity jak evropských, tak i národních výzkumných infrastruktur směřující k vývoji účinných diagnostických metod, léčebných postupů a očkovacích látek a studiu socioekonomických dopadů provedených mimořádných opatření. ESFRI napomáhá vědecké komunitě sdružováním informací o specificky určených službách výzkumných infrastruktur a sdílí všechny relevantní nabídky s co možná nejširším možným okruhem potenciálních zájemců. Za tímto účelem ESFRI ustavilo speciální webové stránky, které zprostředkovávají odkazy na všechny dostupné nabídky. Tyto webové stránky jsou přitom průběžně aktualizovány a jsou dostupné na adrese www.esfri.eu/covid-19. „Informace, které jsme prozatím sesbírali, ukazují význam a přímý dopad výzkumných infrastruktur na vědce a občanskou společnost, jelikož poskytují příležitost koordinovat naše společné úsilí při střetu s výzvami, kterým aktuálně čelíme.“, poznamenal ve své výzvě evropským výzkumným infrastrukturám předseda ESFRI Jan Hrušák. ESFRI apeluje na všechny národní a evropské výzkumné infrastruktury, aby toto úsilí podpořily a sdílely jakékoliv informace o aktivitách rozvíjených v souvislosti se SARS-CoV-2 / Covid-19 a o poskytovaných službách, a to prostřednictvím speciálně dedikovaných webových stránek ESFRI. Příspěvky mohou být ze strany výzkumných infrastruktur zasílány na adresy elektronické korespondence covid-19@esfri.eu a esfri@ec.europa.eu.
-
CCP nabízí okamžitou podporu pro výzkum Covid-19
CCP (Czech Centre for Phenogenomics) generates rodent models related to diagnosis, treatment and prevention of the Covid-19 virus infection (e.g. several serine protease mouse mutant lines). Project proposals can be submitted by email to address ccp@phenogenomics.cz. Proposals will be evaluated and conducted with the highest priority. Available resources, services and support * Generation of rodent disease models (knockout, humanized, etc.), relevant for Covid-19 research. In particular, the CCP can offer several serine protease mouse mutant lines (Prss35, Prss12, Prss21, Prss33, Prss55, Prss37, Prss47, Prss54, Prss48, Prss44, Prss57, Klk12, Klk15, Klk11, Klk13, Klk10, Klk8, Klk5). * Standard cryopreservation and archiving services (sperms and embryos) are maintained. * Advanced secondary phenotyping pipelines relevant to lung inflammation and fibrosis (including state-of-the-art imaging, immunology, lung function). * Pre-clinical testing (lung inflammation and fibrosis models – clinical biochemistry and histopathology are conducted under GLP conditions). * Metabolomics and MALDI imaging from tissue samples and biopsies depending on capacities. Contacts General service contact – ccp@phenogenomics.cz Model generation, archiving and distribution – ccp-tam@img.cas.cz Phenotyping and preclinical service – ccp-pm@img.cas.cz CCP is a member of INFRAFRONTIER (European Research Infrastructure for Generation, Phenotyping, Archiving and Distribution of Model Mammalian Genomes) and due to the comprehensive portfolio of its expertise – from the generation of mutant models to its knowledge of and experience with analysing the functions of genes and their mutations – it has also become a member of international consortium IMPC (International Mouse Phenotyping Consortium). CCP is working together with IMPC members on the ambitious goal, which is the description of the functions of all mammalian genes. CCP is currently working also on its entry into the EurOPDX European research infrastructure. Czech Centre for Phenogenomics
-
Výzkumná infrastruktura RECETOX pomáhá v boji s Covid-19
RECETOX RI (RECETOX Research Infrastructure) supports the research in the environmental and health sciences. The core facilities include the long-term environmental and population studies, biobanking capacities, chemical and biological labs, as well as extensive environmental and population databases and information systems providing samples, data and services with a high added value. An important part of RECETOX RI activities are the educational and training programmes focused on capacity building and knowledge transfer. RECETOX RI supports implementation of newly accredited study programmes of environmental health sciences and computational biology and biomedicine educating professionals capable of working in the public health sector and contributing to development of public health policies. Teachers, students and alumni of these programmes currently support the Government of Czechia in managing the pandemic outbreak of Covid-19 by analysing, interpreting and modelling the available population data needed for development of population-protecting strategies and IT tools. RECETOX RI is also fighting the pandemic outbreak of Covid-19 by the virtual screening. The in-house software tool CaverDock can be applied for virtual screening of potential drugs against protein targets identified in the context of coronavirus pandemic. CaverDock has been developed during the last four years and is publicly available at website https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/. To the best of knowledge of RECETOX RI team, CaverDock is currently the only tool, which can computationally study the process of binding of inhibitors to protein tunnels and channels and it is sufficiently fast to allow screening of very large libraries of molecules. In this case, RECETOX RI will analyse all the FDA-approved drugs, as well as the experimental drugs, which would allow re-purposing and fast application for the treatment of the patients. Molecular targets will be selected from the structures of viral proteins, as well as human proteins known to interact with the virus. Essential computing power will be provided by the supercomputing centre of Masaryk University and research infrastructure ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information). RECETOX RI is currently coordinating EIRENE (European Environmental Exposure Assessment Network), an emerging ESFRI project to be submitted later this year with a goal of filling the identified gaps in the environmental and health area of the existing ESFRI Roadmap. Implementation of the EIRENE project will contribute to building necessary capacities for a harmonised collection, analysis and interpretation of population health data in Europe in support of future public health strategies. RECETOX Research Infrastructure
-
Cestovní mapa ESFRI 2021 – nový deadline pro předkládání návrhů projektů
Termín pro předkládání návrhů nových projektů evropských výzkumných infrastruktur aplikujících na aktualizaci Cestovní mapy Evropského strategického fóra pro výzkumné infrastruktury (ESFRI) 2021 byl z důvodu mimořádné situace vyvolané pandemií nového kmene koronaviru SARS-CoV-2 a onemocnění Covid-19 prodloužen do dne 9. září 2020. Výzva pro předkládání návrhů projektů je právě aktualizována – bez žádných dalších věcných úprav. ESFRI přijalo výše uvedené rozhodnutí v důsledku krize vyvolané pandemií nového kmene koronaviru SARS-CoV-2 a onemocnění Covid-19, jejích dopadů na každodenní život společnosti, resp. aktuálně limitovaných možností výzkumných organizací za takovýchto okolností efektivně spolupracovat na mezinárodní úrovni. Předkladatelům návrhů projektů je z tohoto důvodu poskytována dostatečná časová dotace k přípravě vysoce kvalitních návrhů projektů. „Musíme zabezpečit, aby za situace, kdy pandemie koronaviru SARS-CoV-2, resp. onemocnění Covid-19 dopadá na naše každodenní životy a výrazně limituje naše pracovní podmínky, měly všechny výzkumné infrastruktury, které připravují návrhy projektů pro aktualizaci Cestovní mapy ESFRI 2021, rovnocenné příležitosti.“, uvedl Jan Hrušák, předseda ESFRI. Prodloužení termínu pro předkládání návrhů nových projektů evropských výzkumných infrastruktur nicméně nemá dopad na ambici publikovat další aktualizaci Cestovní mapy ESFRI na podzim roku 2021. Aktualizovaný časový harmonogram milníků přípravy Cestovní mapy ESFRI 2021 a informace ze strany národních delegací do ESFRI k aplikačnímu procesu jsou připravovány a budou zveřejněny co nejdříve. Současně ESFRI sdružuje informace o specifických aktivitách výzkumných infrastruktur, co se týká jejich služeb nabízených za účelem realizace výzkumných a inovačních projektů adresujících pandemii Covid-19 a jejích dlouhodobých dopadů. Takto sesbírané informace budou brzy zveřejněny na webu ESFRI. Bližší informace o aktualizaci Cestovní mapy ESFRI 2021 jsou k dispozici na webových stránkách ESFRI a prostřednictvím národních delegací států zapojených v ESFRI. V případě jakýchkoliv dotazů neváhejte kontaktovat ESFRI na adrese elektronické korespondence roadmap@str-esfri.eu. Credit: NIAID / CC BY
-
IT4Innovations – české superpočítače jsou připraveny na boj s koronavirem
IT4Innovations Národní superpočítačové centrum Vysoké školy báňské – Technické univerzity Ostrava nabízí svým uživatelům z řad výzkumných institucí přednostní přístup ke svým výpočetním systémům, a to za účelem adresování témat souvisejících, resp. vyvolaných onemocněním Covid-19. Uchazeči, jež mají zájem této nabídky využít, mohou předkládat návrhy výzkumných projektů v rámci schématu pro „Přidělení výpočetního času rozhodnutím ředitelství“. Předložené žádosti budou schváleny obratem a rovněž jim bude významně navýšena priorita v čerpání výpočetního času. IT4Innovations Národní superpočítačové centrum poskytuje českým i zahraničním výzkumným týmům z akademické sféry i z průmyslu nejmodernější technologie a služby v oblastech vysoce výkonnostních výpočtů a datových analýz. V současné době provozuje IT4Innovations celkem 4 superpočítače: Anselm (instalován 2013, výkon 94 TFlop/s), Salomon (instalován 2015, výkon 2 PFlop/s), Barbora (instalován 2019, výkon 826 TFlops) a speciální systém pro výpočty umělé inteligence DGX-2 (instalován 2019, výkon 94 TFlop/s a až 2 PFlop/s ). V roce 2020 bude instalován rovněž petascalový systém EURO_IT4I, a to jako součást společné technologické iniciativy EuroHPC. IT4Innovations je současně výzkumným centrem se silnými mezinárodními vazbami. Stěžejními tématy výzkumu IT4Innovations jsou zpracování a analýza rozsáhlých dat, strojové učení, vývoj paralelních škálovatelných algoritmů, řešení náročných inženýrských úloh a modelování pro nanotechnologie. IT4Innovations je součástí Vysoké školy báňské – Technické univerzity Ostrava a národním HPC uzlem e-infrastruktury ČR. IT4Innovations Národní superpočítačové centrum