Projekt CanSERV - akcelerátor poznatků v personalizované onkologii
CanSERV - Špičkové služby v rámci pokročilé personalizované medicíny - Pro vědce zaměřené na rakovinu ZDARMA - prodlouženo do 25.5.2023
ELIXIR-CZ (Česká národní infrastruktura pro biologická data) poskytuje výzkumnou infrastrukturu pro ukládání, zpracování a analýzu dat v oblasti dat o živé přírodě. Stejně jako ostatní vědecká pracoviště, i ELIXIR-CZ nabízí svou odbornou podporu, služby a expertízu v boji proti koronaviru SARS-CoV-2. Pro zpřehlednění relevantních témat zprovoznil ELIXIR-CZ webovou stránku věnovanou Covid-19, na které může odborná i laická veřejnost nalézt informace o aktivitách spojených s bojem proti Covid-19. Na webových stránkách ELIXIR-CZ lze nalézt doporučení k ukládání a sdílení dat, informace o přístupech k relevantním datům; dále poté ELIXIR-CZ nabízí specificky při řešení problematiky věnované datovým souborům s tématikou Covid-19 i pomoc při nastavení FAIR principů (tj., aby uložená data byla snadno dohledatelná, přístupná, interoperabilní a znovupoužitelná), jakožto i speciální softwarové a analytické nástroje a výpočetní prostředky, které pomohou analyzovat datové sety. V neposlední řadě ELIXIR-CZ sdružuje experty, kteří společně pracují na tématech věnovaných problematice onemocnění Covid-19. ELIXIR-CZ nabídl své služby při vytváření epidemiologického modelu pandemie Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR a zároveň s pomocí partnerských organizací sdružených v rámci celoevropské sítě ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information) zformuloval požadavky na dostupnost relevantních dat pro vytváření takového modelu. ELIXIR-CZ se aktivně zapojil i do výzkumného týmu pod záštitou IDEA při CERGE-EI (Center for Economic Research and Graduate Education – Economics Institute) a podílí se na modelování epidemiologické situace v ČR. Přispívá vyhledáváním a porovnáváním relevantních zdrojů a vědecké literatury a zejména získáváním příkladů dobré praxe od ostatních členů celoevropské sítě ELIXIR, jimiž jsou např. Estonsko, Dánsko či Švýcarsko. ELIXIR-CZ zároveň vstoupil do spolupráce s testovacím centrem při Univerzitě Palackého v Olomouci, jejíž součástí je i velká výzkumná infrastruktura EATRIS-CZ (Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu), jakožto člen celoevropské sítě EATRIS ERIC (European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine), a nabídl výpočetní kapacity i architekturu pro zajištění zpracování velkého množství dat spojeného s testováním. Pomoc spočívá v rozšíření výpočetních kapacit serverů pro zpracování dat a rozšíření úložišťové kapacity centra, které pracuje s citlivými daty. ELIXIR-CZ i nadále koordinuje napojení na vědecké portály celoevropské sítě ELIXIR, především v oblasti vyhledávání ověřených technologií pro testování na onemocnění Covid-19 a co se týká zprostředkování kontaktů s testovacími pracovišti. ELIXIR-CZ – Česká národní infrastruktura pro biologická data
CZ-OPENSCREEN (National Infrastructure for Chemical Biology) – Czech node to EU-OPENSCREEN ERIC (European Infrastructure of Open Screening Platforms for Chemical Biology) – hosted by the Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences, plans to test up to 1,000 samples per day. This goal will be achieved mainly thanks to the specialized instruments used routinely in the high throughput screening of small molecules including washers, robotic liquid handlers and different types of bulk liquid dispensers. Some of these instruments are integrated in the HTS robotic stations. CZ-OPENSCREEN focuses on the identification of new molecular probes and tools for research and validation of compounds suitable for the development of new drugs. Employment of the research infrastructure equipment in the Corona samples testing thus fulfils CZ-OPENSCREEN mission – open access to general scientific community. Tested samples will be coming from regional hospitals, nursing and retirement homes. The team led by Dr Petr Bartůněk optimized RNA isolation using an in-house developed methods for large-scale testing. This in-house method is based on magnetic beads used to isolate RNA. CZ-OPENSCREEN is sharing the know-how of high-throughput workflow for RNA isolation and preparation of RT-qPCR reactions with other academic institutions involved in Covid-19 testing. And the approach to share this methodology will be kept also for the future in case of any other emergency pandemic, which will require immediate reaction. CZ-OPENSCREEN team also developed the internal database CORONAbase. The CORONAbase enables one to register samples and to transform all the appropriate personal data to an electronic version. Each of the samples will be associated with a unique barcode and the database will enable one to track the samples on multiwell plates during the process of RNA isolation and qPCR screening. The qPCR data will be automatically uploaded into the database and analyzed. The CORONAbase will be offered also to other laboratories, which are involved in Covid-19 testing, where it can be used for data management and to improve their testing services and standards. This database can be used in general for any sample management during any future pathogenic outbreak when the non-diagnostic laboratories are again involved. CZ-OPENSCREEN team expects that the involvement in coronavirus testing will increase the number of people tested and society and governmental bodies will get a better idea about the nationwide spread of the virus. CZ-OPENSCREEN – National Infrastructure for Chemical Biology
Epidemie nového druhu koronaviru SARS-CoV-2 a jím způsobeného onemocnění Covid-19 vyvolala po celém světě zdravotní, sociální a ekonomické dopady v posledních desetiletích zcela bezprecedentního rozměru. Opatření zmírňující okamžité dopady této pandemie, jakož i reakce přinášející efektivní řešení výzev touto pandemií vyvolaných, musí být nutně znalostní povahy, tj. založená na datech a poznatcích z těchto dat vyplývajících. Jednu ze stěžejních rolí v tomto kontextu hrají výzkumné infrastruktury, jež vědecké komunitě zpřístupňují nejpokročilejší znalostí, technologické a datové zdroje, které účinný boj se SARS-CoV-2 / Covid-19 vyžadují. Výrazný multiplikační efekt přitom přináší výzkumné infrastruktury mezinárodního rozsahu, charakteru a významu, jež v rámci svých kapacit koncentrují kritické množství zdrojů pro realizaci nejnáročnějších vědeckých experimentů a studií, a tyto zdroje zároveň zpřístupňují svým uživatelům na nadnárodní úrovni umožňující rozsáhlé mezinárodní kolaborace. ČR, jakožto členský stát řady mezinárodních výzkumných infrastruktur, je integrální součástí úsilí, které je celosvětovou výzkumnou komunitou v reakci na pandemii SARS-CoV-2 / Covid-19 rozvíjeno. Ať už se jedná o mezinárodní organizace výzkumu, vývoje a inovací, ustavené na základě mezinárodního práva veřejného, tak o konsorcia evropských výzkumných infrastruktur, založená podle právního rámce EU, ČR vystupuje ve střetu se SARS-CoV-2 / Covid-19 jako aktivní člen vedoucích světových laboratoří. Níže uvedená zařízení poskytují svým uživatelským komunitám svá rozsáhlá experimentální a datová zázemí na bázi otevřeného přístupu, přičemž v nynější situaci, žádající si urychlená znalostní řešení, velmi často i na základě preferenčního přístupu, upřednostňujícího provádění studií souvisejících s pandemií SARS-CoV-2 / Covid-19 před výzkumnými pracemi ostatní povahy. EATRIS-CZ – Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu EATRIS ERIC (European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine) a jeho členové včetně EATRIS-CZ (Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu), poskytují výzkumně-infrastrukturní zázemí k vývoji léčiv, vakcín a diagnostik, a to až k úrovním tzv. „prvního podání u člověka“ a jejich klinickému ověření „proof-of-concept“. EATRIS ERIC je partnerem v rámci projektu TRANSVAC-2 financovaného EU, který urychluje vývoj vakcín proti SARS-CoV-2. ECRIN-ERIC (European Clinical Research Infrastructure Network) ve spolupráci se svými národními partnery, mezi které náleží také CZECRIN (Český národní uzel Evropské sítě infrastruktur klinického výzkumu), ustavil pracovní skupinu COVID-19, jež se věnuje zrychlenému postupu pro poskytování služeb v oblasti klinických studií souvisejících s onemocněním Covid-19. BBMRI-ERIC (Biobanks and Biomolecular Resources Research Infrastructure Consortium) a členské národní uzly, včetně BBMRI-CZ (Banka klinických vzorků), poskytují specifické informace o zdrojích, které mohou zpřístupnit vědcům z akademického prostředí i ze soukromého sektoru pracujícím na vývoji vakcín a léčiv SARS-CoV-2 / Covid-19. Síť více než 600 bio-bank sdružených v rámci BBMRI-ERIC poskytuje vědcům v tomto ohledu naprosto klíčové služby. EATRIS ERIC, ECRIN-ERIC a BBMRI-ERIC ustavily společnou platformu COVID-19 Fast Response Service, jako vzájemně koordinovanou proceduru pro výzkumné pracovníky k získání urychleného přístupu k akademickým zařízením, službám a zdrojům těchto tří výzkumných infrastruktur, které spolupracují i pod záštitou aliance AMRI (Alliance of Medical Research Infrastructures). CZECRIN – Český národní uzel Evropské sítě infrastruktur klinického výzkumu EU-OPENSCREEN ERIC (European Infrastructure of Open Screening Platforms for Chemical Biology) se aktivně podílí na řadě aktivit zaměřených na studium koronaviru SARS-CoV-2, identifikaci léčiv onemocnění Covid-19 a vývoje diagnostiky. EU-OPENSCREEN ERIC a Evropská chemicko‑biologická databáze, provozovaná CZ‑OPENSCREEN (Národní infrastruktura pro chemickou biologii), jsou pak i partnery návrhu projektu EUROCOVID k podpoře z rámcového programu Horizontu 2020. Euro-BioImaging ERIC (European Research Infrastructure for Imaging Technologies in Biological and Biomedical Sciences) a její český uzel Czech-BioImaging (Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování) poskytují zobrazovací technologie k realizaci biologického a lékařského výzkumu. Podrobné informace o službách poskytovaných v reakci na pandemii onemocnění Covid-19 zveřejnil Euro-BioImaging ERIC na vyhrazené webové stránce. Instruct-ERIC (Integrated Structural Biology European Research Infrastructure Consortium), jehož součástí je rovněž CIISB (Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii), zveřejnil katalog instrumentace podporující výzkum SARS-CoV-2 / Covid-19. Řada služeb Instruct-ERIC je dostupná přes vzdálený přístup bez nutnosti doručit vzorky k analýze osobně. Bližší informace jsou k dispozici na webovém portálu Instruct-ERIC Covid-19 Resource Centre. ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information), jehož českým partnerem je ELIXIR-CZ (Česká národní infrastruktura pro biologická data) v souvislosti s pandemií SARS-CoV-2 ustavil informační webovou stránku o podporovaných servisech. Případné související dotazy lze adresovat na lauer@elixir-europe.org. CIISB – Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii EMBL (European Molecular Biology Laboratory) již od prosince 2019 shromažďuje a zpracovává data týkající se viru SARS-CoV-2. Přes svoji bio-informatickou pobočku EMBL-EBI, která je zároveň největším evropským úložištěm molekulárně-biologických dat, pak EMBL vytvořila specializovanou webovou stránku, která pomáhá ukládat a sdílet data o viru SARS-CoV-2 do dalších molekulárních databází. Vědci mohou získat podporu před odesláním svých dat na virus-dataflow@ebi.ac.uk. Jakékoliv dotazy týkající se tohoto tématu lze adresovat na contact@virusresource.embl.org. CERN (European Organisation for Nuclear Research) ustanovila zvláštní pracovní výbor posuzující možnosti využití technologií a kompetencí CERN ke globálnímu úsilí v boji s Covid-19. Návrhy pro tuto skupinu mohou být zasílány na adresu covid@cern.ch. Další informace jsou dostupné na webových stránkách CERN. ESA (European Space Agency) vyhlásila 2 nové iniciativy zaměřené na porozumění dopadů nemoci Covid-19 na společnost, ekonomiku a životní prostředí. Jedna z nových výzev je součástí elementu „Věda pro společnost“ programu ESA na pozorování Země. Kromě této výzvy ESA ve spolupráci s Evropskou komisí spustila i zvláštní díl soutěže “Custom Script Contest”, zaměřené převážně na využití dat z družic Sentinel. Soutěž je zaměřena pro experty v oblasti dálkového průzkumu Země, strojového učení i odbornou veřejnost, jež mohou předkládat návrhy, jak by družicová data mohla přispět ke zmírnění dopadů pandemie v ekonomických sektorech, jakými jsou průmysl, obchod, doprava či zemědělství, ale je otevřena rovněž pro jiné nápady. Vzdělávací sekce ESA spustila portál Expedice: Doma, jež má dětem a rodičům pomoci s domácím učením a se zábavou s využitím témat z kosmonautiky. CESSDA ERIC (Consortium of European Social Science Data Archives), ve kterém je ČR zastoupena skrze CSDA (Český sociálněvědní datový archiv), podporuje Průzkum pracovního života CORONA, organizovaný Nadací WageIndicator. Průzkum se věnuje mapování změn životních a pracovních podmínek vyvolaných pandemií v 110 zemích světa. CLARIN ERIC (Common Language Resources and Technology Infrastructure), jehož se v roli českého uzlu účastní LINDAT/CLARIAH-CZ (Digitální výzkumná infrastruktura pro jazykové technologie, umění a humanitní vědy), pak poskytuje nadaci Wagelndicator pro tento průzkum hostitelskou platformu. EMBL – Evropská laboratoř molekulární biologie
In connection with the SARS-CoV-2 / Covid-19 pandemic spread, Czech-BioImaging (National Research Infrastructure for Biological and Medical Imaging), as the Czech national node to the Euro-BioImaging (European Research Infrastructure for Imaging Technologies in Biological and Biomedical Sciences) pan-European network, offers: * No fees for Covid-19 relevant scientific projects selected for implementation within the ongoing call for the Czech-BioImaging Open Access support (July 2020 – June 2021). The current call also aims to help solve any scientific aspect connected with Covid-19. Scientifically relevant projects, which need imaging methods, will be given a prioritised access to Czech-BioImaging facilities with no fees attached. Deadline for submitting applications is 30th April 2020. More information and the application rules can be found at Czech-BioImaging website. * For open access, priority is given to projects addressing Covid-19 issues. More information as well as application form may be found at dedicated Czech-BioImaging web page. Czech-BioImaging is a distributed research infrastructure of imaging institutions in the Czech Republic. It provides open access to a wide spectrum of imaging technologies and methodologies, allowing for the extraction of completely new scientific data, especially in cell and molecular biology, genetics, physiology, parasitology, tumour biology, neurosciences, developmental biology, and pathology. Czech Republic has been a founding Member of the Euro-BioImaging ERIC. CzechBioImaging – National Research Infrastructure for Biological and Medical Imaging
METROFOOD-CZ je výzkumná infrastruktura, která se specializuje na potraviny a výživu a zároveň je českým národním uzlem METROFOOD-RI (Infrastructure for Promoting Metrology in Food and Nutrition). V rámci pomoci nabízíme analýzy z oblasti zemědělské prvovýroby, zpracování potravin a technologií s ohledem na kvalitu, autenticitu, bezpečnost a vysledovatelnost potravin, surovin, potravinářských výrobků a doplňků. Tento výzkum je řízen Českou zemědělskou univerzitou v Praze a jejími partnery – Vysokou školou chemicko-technologickou v Praze a Výzkumným ústavem potravinářským Praha. Je nezbytné, aby i v době koronavirové pandemie zůstaly naše potraviny bezpečné. Proto je nutné při jejich výrobě, manipulaci, distribuci, přepravě a prodeji dodržovat správné hygienické postupy, abychom zamezili jejich případné kontaminaci nebo křížové kontaminaci při zachování nutričních a jiných kvalitativních vlastností. METROFOOD-CZ, spolu se zahraničními partnery METROFOOD-RI, poskytuje komplexní hodnocení kvality potravin a doplňků stravy v laboratořích, jako jsou laboratoře chemie a analýzy potravin, nanotechnologií, biotechnologií, mikrobiální analýzy, imunochemie, kvality potravin, výživy a molekulární biologie. V této souvislosti nabízíme odborné rady a konzultace, jakož i využití analytických zařízení, např. GC-QTOF, UHPLC-QTOF, NMR, MALDI-TOF apod. Více informací o METROFOOD-CZ naleznete na www.metrofood.cz a www.metrofood.eu, popř. kontaktujte METROFOOD-CZ na info@metrofood.cz a media@metrofood.cz. METROFOORD-CZ – Infrastruktura pro propagaci metrologie v potravinářství a výživě v ČR
Nadace WageIndicator informuje o probíhajícím kontinuálním globálním online průzkumu „Život a práce v časech Corony“. Průzkum mapuje změny životních a pracovních podmínek vyvolané novým druhem koronaviru SARS-CoV-2 a onemocněním Covid-19 v celkem 110 zemích světa. Proměny jsou vizualizovány prostřednictvím map a grafů. Infografika přehledně ukazuje den po dni důsledky nynější pandemie, kterým čelí většina pracující světové populace. Průzkum je zpracován na základě odpovědí na několik základních otázek týkajících se probíhající pandemie. Více informací naleznete na webových stránkách CESSDA ERIC (Consortium of European Social Science Data Archives) anebo na webových stránkách nadace Wagelndicator. WageIndicator je nezisková nadace, která si klade za cíl v celosvětovém měřítku sdílet a porovnávat mzdy a pracovní právo prostřednictvím svých webů ve 140 zemích, které navštěvují miliony uživatelů. Wagelndicator je součástí projektu SSHOC (Social Sciences and Humanities Open Cloud), který je koordinován evropskou výzkumnou infrastrukturou CESSDA ERIC. Další evropská výzkumná infrastruktura CLARIN ERIC (Common Language Resources and Technology Infrastructure) poskytuje výzkumným aktivitám WageIndicatoru hostitelskou platformu. ČR se na výzkumných aktivitách CLARIN ERIC podílí prostřednictvím velké výzkumné infrastruktury LINDAT/CLARIAH-CZ (Digitální výzkumná infrastruktura pro jazykové technologie, umění a humanitní vědy), koordinované Univerzitou Karlovou. Do výzkumných aktivit CESSDA ERIC je ČR zapojena prostřednictvím velké výzkumné infrastruktury CSDA (Český sociální datový archiv), jíž koordinuje Sociologický ústav AV ČR, v.v.i. CESSDA ERIC – Consortium of European Social Science Data Archives
EOSCsecretariat.eu systematicky podporuje svými aktivitami vývoj, fungování a řešení specifických potřeb řídící struktury EOSC (European Open Science Cloud). Vysoká míra flexibility a finanční zdroje umožňují reagovat na jednotlivé výzvy v oblasti otevřené vědy. Možnosti financování EOSC sekretariát se zapojuje do podpory řešení současného epidemiologického vývoje ve světe skrze podporu urgentních potřeb výzkumu. Otevřená výzva tak dává možnosti zúčastněným stranám přispět svými výsledky k řešení této situace. Výzva slibuje rychlý administrativní proces. Fyzické a právnické osoby z členských států EU a asociovaných zemí nečerpající finanční podporu z jiných zdrojů (projektů EU nebo projektů národních výzkumných infrastruktur) na dané činnosti, mohou žádat o financování v podobě tzv. „co-creation budget“. Metodika k podávání žádostí včetně definice způsobilých nákladů a formuláře žádosti jsou dostupné na webové stránce EOSC sekretariátu. Podporované aktivity musí využívat principy otevřené vědy a přispívat k poznání, resp. k řešení epidemiologické situace v souvislosti s výskytem Covid-19. K těmto aktivitám patří: * Otevřený přístup k vědeckým datům týkajících se Covid-19; * Sdílení infrastruktur a služeb; * Vývoj otevřených nástrojů sloužící k boji proti Covid-19; * Sdílení metodik k testování vzorků a dat; * Vývoj otevřených metodik, služeb, softwaru a infrastruktur pro sdílení dat, postupů a znalostí v souvislosti s vývojem výskytu a léčbou Covid-19; * Vývoj otevřených metodik pro sledování šíření Covid-19; * Vývoj otevřených metodik a metodik založených na důkazech pro rozvoj politiky se zaměřením na boj proti pandemii Covid-19; * Zpřístupnění a komparace otevřených dat v oblasti eradikace Covid-19 a v souvislosti s chováním a výskytem jiných obdobných virů a případných dalších ohniskových výskytech v budoucnosti; * Posouzení validity epidemiologických data v souvislosti s Covid-19 k zajištění monitoringu a ověření zdrojů nákazy; * Další aktivity v oblasti ověřené vědy související s potlačením epidemie and pandemie. Otevřená věda pomáhá porozumění pandemii Covid-19 Boj proti Covid-19 se stal prioritou ve všech státech Evropy i mimo ni. Zdravotnictví se snaží poskytovat péči v co největším rozsahu. Na základě zkušeností z Itálie či Španělska je ale zřejmé, že nápor pacientů, zejména pacientů s vážným průběhem, sektor zdravotnictví vyčerpává, a to, co se týče pracovních, tak i materiálových kapacit. Celý svět proto očekává, kdy počty nakažených v jednotlivých státech začnou klesat. Bohužel není jasné, kdy se tak stane a zda se tato situace (se stejným či jiným původcem nákazy) nebude znovu opakovat. Vývoj nové diagnostiky, léčby i vakcíny si žádá čas. Pandemie Covid-19 má ale tendenci postupovat rychle. Sdílení dat souvisejících s potlačením této pandemie má v současné době pro biomedicínský výzkum velký význam. Napomáhá sdílení samotných dat výzkumu, avšak i softwaru, metodik monitoringu a sledování vývoje pandemie. Zpřístupnění dat napomůže k poznání v oblastech eradikace Covid-19 a chování obdobných virů. Validace epidemiologických dat nastíní sledování zdrojů nákazy a cestu jejího šíření. Evropská vědecká komunita se v posledních týdnech zaměřuje na téma pandemie Covid-19. Evropské výzkumné instituce poté podepsaly i prohlášení Welcome Trust’s Statement on Data Sharing in Public Health Emergencies. Vyjádřily tímto souhlas s otevřeným přístupem ke všem relevantním výzkumům zaměřující se na Covid-19. Výsledky výzkumu jsou tak k dispozici ještě před jejich peer-review. Světová zdravotnická organizace (WHO) tak i získala rychlý přístup k čerstvým datům, které by mohly napomoci řešení současné situace.
Výzkumná infrastruktura CzechNanoLab nabízí své kapacity v boji s onemocněním COVID-19. Nabízíme zejména testování ochranných pomůcek z nanomateriálů, např. analýzu nanovlákenných filtrů, chemickou analýzu aktivních nanočástic atd. Dále nabízíme kapacity pro přípravu magnetických nanočástic pro testování na přítomnost SARS-CoV-2. V neposlední řadě umožníme přednostní bezplatný přístup a podporu všem projektům výzkumu a vývoje, které přímo souvisejí s výzkumem koronaviru SARS-CoV-2 (např. vývoj mikrofluidních čipů pro sekvenování RNA). Požadavky zasílejte na e-mail info@czechnanolab.cz . CzechNanoLab poskytuje otevřený přístup k technologickému vybavení a službám v oblasti nanotechnologií a materiálových věd. CzechNanoLab se skládá ze 2 pracovišť, a to brněnské laboratoře CEITEC Nano a pražské Laboratoře nanostruktur a nanomateriálů (LNSM). Tato 2 pracoviště umožňují rychlý a snadný přístup ke špičkovým přístrojům pro fabrikaci a analýzu nanostruktur, nanomateriálů a nanosoučástek. Nové materiály a nanostruktury vyvíjené v laboratořích CzechNanoLab mohou vést např. k vývoji rychlejších a úspornějších záznamových médií nebo ke včasnější diagnostice chorob. CzechNanoLab je zapojen do evropské výzkumné infrastruktury v oblasti nanofabrikace EuroNanoLab, www.euronanolab.eu. CzechNanoLab Research Infrastructure