Projekt CanSERV - akcelerátor poznatků v personalizované onkologii
CanSERV - Špičkové služby v rámci pokročilé personalizované medicíny - Pro vědce zaměřené na rakovinu ZDARMA - prodlouženo do 25.5.2023
Aktuality
Zajímavosti
-
e-INFRA CZ nabízí své ICT služby pro výzkum onemocnění Covid-19
Vzhledem k aktuálním událostem týkajícím se šíření nového kmene koronaviru SARS-CoV-2 a nemoci Covid-19 nabízí česká e-infrastruktura e-INFRA CZ prioritní přístup ke svým ICT zdrojům a službám pro výzkumné projekty, jejichž cílem je zmírnění probíhající pandemie. Za tímto účelem nabízí e-INFRA CZ služby a znalosti v oblasti vzdálené spolupráce, výpočtů, ukládání dat a počítačových sítí. Nabízené služby zahrnují kapacity superpočítačů Národního superpočítačového centra IT4Innovations a dále i distribuované výpočetní zdroje MetaCentra. Úložné kapacity zahrnují řešení synchronizace na základě vlastního cloudu, služeb FileSender, přístupu k systému souborů a ukládání. Úložné kapacity jsou plně integrovány do výpočetního prostředí a nabízejí kapacity v řadách PB. Distribuované týmy mají k dispozici zdroje pro spolupráci v reálném čase s jednoduchým webovým přístupem. Služby e-INFRA CZ jsou dostupné vědcům působícím v ČR, jakož i skupinám ze zahraničí, jež přímo spolupracují s týmy z ČR. Výzkumníci, kteří potřebují zdroje nebo kapacitu, aby pomohli v boji proti šíření koronaviru SARS-CoV-2 a onemocnění Covid-19, mohou kontaktovat tým e-INFRA CZ na adrese covid-19@e-infra.cz. Zdroje superpočítačů IT4Innovations mohou být přiděleny podle popsaného postupu. Informace CESNET o Covid-19 a souvisejících službách jsou k dispozici na webové stránce. e-INFRA CZ je unikátní e-infrastrukturou pro výzkum, vývoj a inovace v ČR, která představuje plně transparentní prostředí poskytující komplexní kapacity a zdroje pro přenos, ukládání a zpracování vědeckých dat všem subjektům zabývajícím se výzkumem, vývojem a inovacemi bez ohledu na to, v jakém odvětví je provádí. e-INFRA propojuje všechny 3 národní e-infrastruktury ČR – CESNET (e-Infrastruktura CESNET), CERIT-SC (CERIT Scientific Cloud) a IT4Innovations (IT4Innovations Národní superpočítačové centrum). e-INFRA CZ – e-Infrastruktura ČR
-
CIISB – přednostní přístup pro realizaci studií na téma Covid-19
CIISB (Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii) nabízí prioritní přístup výzkumným týmům, které potřebují využít služeb a dat CIISB ve svých projektech výzkumu a vývoje, které přímo souvisejí s výzkumem koronaviru SARS-CoV-2, a projektech, které jsou zaměřeny na vývoj vakcíny proti tomuto viru či se soustředí na léčbu onemocnění Covid-19, jež vir vyvolává. Máte-li zájem o nabízený prioritní přístup, odešlete prosím návrh svého výzkumného projektu prostřednictvím online systému. Úspěšně zhodnoceným návrhům projektů budou přiděleny přístupové údaje k bezplatnému využití služeb a dat CIISB. Za poskytnuté služby nebude žádán žádný finanční příspěvek. Více informací o CIISB naleznete na webových stránkách. CIISB je distribuovaná výzkumná infrastruktura sdílených laboratoří provozovaných v rámci kapacit výzkumných a vývojových center CEITEC (Středoevropský technologický institut v Brně) a BIOCEV (Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy ve Vestci). CIISB nabízí expertízu a přístup k technologiím využívaným v oblasti integrativních metod strukturní analýzy biologicky důležitých buněčných komponent a makromolekul na různých úrovních rozlišení, a to od atomové až po buněčnou. CIISB je členem konsorcia evropské výzkumné infrastruktury Instruct-ERIC (Integrated Structural Biology Eureopan Research Infrastructure Consortium), přičemž ČR je jedním z jeho zakladatelských členských států. CIISB – Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii
-
LINDAT/CLARIAH-CZ nabízí kapacity pro boj se SARS-CoV-2 a Covid-19
Výzkumná infrastruktura LINDAT/CLARIAH-CZ a její hostitelská instituce – Ústav formální a aplikované lingvistiky Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy – nabízí svou výpočetní kapacitu pro výzkumné výpočty věnované boji s koronavirem SARS-CoV-2 a onemocněním Covid-19 v objemu ~1000 CPU po dobu 3 měsíců, počínaje 1. dubna 2020. Více informací, jak zažádat o účet a kvóty v clusteru, technickém popisu schopností clusteru (jak spouštět úlohy, přenášet data apod.) naleznete na https://covid.ufal.mff.cuni.cz. Přístup bude umožněn na základě rozhodnutí výzkumné infrastruktury při respektování pravidla „kdo dřív přijde“, pokud budou splněna výše uvedená kritéria. Výzkumná infrastruktura LINDAT/CLARIAH-CZ dále nabízí, že od 1. dubna 2020 po stejnou dobu, tj. v délce 3 měsíců, umožní neomezený* přístup ke službám zpracování textů v přirozeném jazyce. K většině těchto služeb lze získat přístup prostřednictvím rozhraní REST API, a to bez jakéhokoli ověření a/nebo autorizace. Tyto API umožňují používat nástroje pro zpracování jazyka (NLP), a to přímo z kódu nebo skriptů. Lze tak automatizovat např. analýzu příspěvků na sociálních sítích v 80+ jazycích (viz nástroj „UDPipe“), překlad do a z angličtiny do a z několika jazyků EU a další podobné služby. *Limitem je výlučně výpočetní kapacita serverů webových služeb LINDAT/CLARIAH-CZ. Při vyšším zatížení nemůžeme garantovat specifickou dostupnost. Je rovněž možné stáhnout nástroje a používat je „offline“, např. v dostupném clusteru popsaném výše, nebo kdekoli jinde. Přesné podmínky použití naleznete ve výše uvedeném seznamu služeb a nástrojů. Hlavní kontakt: Jan Hajič – hajic@ufal.mff.cuni.cz Technická podpora: Milan Fučík – fucik@ufal.mff.cuni.cz LINDAT/CLARIAH-CZ je společným distribuovaným českým národním uzlem evropských sítí výzkumných infrastruktur CLARIN ERIC (Common Language Resources and Technology Infrastructure) a DARIAH ERIC (Digital Research Infrastructure for the Arts and Humanities). Sdružuje 11 výzkumných organizací, které působí v oblastech humanitních věd a umění v ČR – v oblastech lingvistiky, historie a historické bibliografie, kultury a vědy v oblasti kultury, dějin umění, filozofie, filmové kultury, vizuálního umění, muzikologie a dějin hudby, etnologie, folkloru, archeologie a také v některých mezioborových oblastech. LINDAT/CARIAH-CZ – Digitální výzkumná infrastruktura pro jazykové technologie, umění a humanitní vědy
-
Evropské výzkumné infrastruktury v boji proti COVID-19
Výzkum týkající se testování a léčby COVID – 19 podporují také evropské výzkumné infrastruktury. Několik aktivit se již uskutečnilo a další na sebe nedají dlouho čekat. Asociace evropských výzkumných infrastruktur (ERF-AISBL) otevřela stránku ohledně konkrétní pomoci. ERIC Forum sdružující právnické osoby ERIC vystavuje novinky v reakci na COVID-19 na svých stránkách. Již tři ERICy – BBMRI-ERIC, CERIC-ERIC, INSTRUCT – ERIC nabízejí zdarma prioritní přístup výzkumným pracovníkům provádějícím výzkum ohledně COVID-19. Během týdne budou přibývat další. ERF-AISBL spolu s ERIC Forum vyzývá všechny výzkumné infrastruktury k vyplnění následujícího formuláře, a to do 27. března. Evropská komunita i Komise tak bude mít informace potřebné k vypsání případných výzev výzkumu na potlačení pandemie. Sledujte prosím stránky jak ERF-AISBL, tak ERIC Forum, neboť budou v následujících dnech a týdnech plné nových informací. Naděžda Witzanyová witzanyova@tc.cz
-
Přednostní možnost využití výpočetních zdrojů IT4Innovations v souvislosti s COVID-19
Vážení uživatelé výpočetních zdrojů IT4Innovations, ve světle událostí, které se dějí kolem nás a týkají se šíření nemoci COVID-19, Vám tímto nabízíme přednostní možnost využití výpočetních zdrojů IT4Innovations pro projekty s návazností na zmírnění šíření nemoci COVID-19.Projektové žádosti podávejte v rámci schématu pro „Přidělení výpočetního času rozhodnutím ředitelství“. Vaši žádost schválíme obratem a rovněž jí významně navýšíme prioritu v čerpání výpočetního času. Tým IT4Innovations Původní text
-
Evropská komise odložila termín uzávěrky výzev H2020 v tématu Výzkumné infrastruktury
Vzhledem k mimořádné situaci, které Evropa v současné době čelí, odložila Evropská komise termín uzávěrky následujících výzev: H2020-INFRAIA-2020-1 (Téma INFRAIA-02 a INFRAIA-03), H2020-INFRAINNOV-2020-2 (Téma INFRAINNOV-03 a INFRAINNOV-04), H2020-INFRASUPP-2020-2 (Téma INFRASUPP-02), a to na 14 května 2020. Odložení termínu uzávěrky je opatřením, díky kterému je možno řešit obtíže, se kterými se v současné době potýkají mnozí uchazeči, členové Programových výborů i hodnotitelé projektů.
-
RICH-2 webinář k přístupu ke kapacitám výzkumných infrastruktur v oboru biologických věd
RICH-2 Evropská síť Národních kontaktních bodů (NCP) pro velké výzkumné infrastruktury v Horizontu 2020 si Vás dovoluje pozvat na webinar týkající se přístupu ke kapacitám výzkumných infrastruktur v oboru biologických věd. Mechanismus “transnacionálního přístupu” zaručuje bezplatný přístup k nejlepším evropským výzkumným infrastrukturám. Z rozpočtu projektu mohou být uhrazeny, kromě nákladů na vlastní výzkum, také náklady na cestovné, ubytování a stravné. To platí pro všechny evropské výzkumné pracovníky, a do určité míry i pro výzkumné pracovníky z třetích zemí. Webinář se koná 6. března, 13:00 CET, po dobu 1 hodiny. Získejte detailní informace ohledně právě otevřených výzev, které budou prezentovány zástupci samotných výzkumných infrastruktur. Zvyšte své šance pro získání sponzorovaného měření tím, že budete mít potřebné informace pro předložení svého návrhu. Tentokrát promluví zástupci následujících výzkumných infrastruktur: * INFRAVEC2, Výzkumná kapacita pro implementaci genetické kontroly komárů – 3 * TRANSVAC2, Evropská sít výzkumu a vývoje očkovacích látek * ERINHA, Evropská výzkumná infrastruktura zkoumající vysoce patogenní látky * EDIReX, EurOPDX Distribuovaná infrastruktura pro výzkum Xenoimplantátů rakoviny odvozených od pacienta Registrace a program Naděžda Witzanyová witzanyova@tc.cz CZ NCP pro velké infrastruktury
-
Neutrony v boji proti rakovině i HIV
Evropská unie dala jasně najevo, že výzkum a inovace se v nadcházejícím rámcovém programu Horizon Europe zaměří na mise. Tedy akce s konkrétním přínosem pro společnost, ať už v oblasti zdraví, klimatu, potravin, energetiky nebo digitalizace. Liga evropských pokročilých neutronových zdrojů (LENS) představila 11. února v Bruselu zásadní výsledky výzkumu neutronů a jejich přínos pro lidstvo. LENS si pro své jednání mezi vědci a zástupci Evropské komise vybral více než sto let starou knihovnu Solvay v Bruselu. „Brusel z roku 1927 byste asi stěží poznali,“ zahájil kolokvium generální ředitel Evropského spalačního zdroje John Womersley. Pokračoval připomenutím nejslavnější páté Solvayské konference o elektronech a fotonech z roku 1927, kde hlavními aktéry byli Albert Einstein, Niels Bohr a Marie Sklodowská-Curie. John Womersley Bůh nehraje v kostky „Bůh nehraje v kostky,“ citoval Womersley slavný Einsteinův citát a zdůraznil, že výzkumné infrastruktury potřebují jasnou vizi toho, jak mohou přispět k řešení aktuálních společenských výzev. Na Johna Womersleyho navázala ředitelka synchrotronu ALBA Caterina Biscari z konsorcia LEAPS (League of European Accelerator-based Photon Sources), kterou tvoří převážně národní výzkumné infrastruktury. „Připravujeme naši pozici k misím Horizon Europe. Máme mnoho projektů, které vyvíjí nové přístupy ke správě dat, což je ve fotonových vědách naprosto klíčové,“ řekla Biscari. Ředitel Institutu Laue-Langevin a předseda konsorcia LENS Helmut Schober se nebál přirovnat vědu ke stavbě domu. „Když stavíte dům, taky potřebujete ty nejlepší služby. Je to holistický přístup,“ řekl Schober. Díky novým poznatkům neutronové vědy, která zkoumá svět na atomové a molekulární úrovni, mohou vědci přispět například k přesnějšímu zacílení léčby rakoviny nebo viru HIV. Helmut Schober Role neutronů ve výzkumu léčby rakoviny Maria Paula M. Marques z Univerzity v Coimbře v Portugalsku se věnuje vibrační spektroskopii. Její tým používá techniky rozptylu neutronů ke studiu změn, ke kterým dochází v buňce, je-li podrobena léčbě rakoviny. Jejich práce se zaměřuje na vodu uvnitř buněk a na to, jak lze tuto intracelulární vodu použít jako cíl pro protinádorová léčiva. V roce 2019 zvítězila Maria Marques v soutěži ISIS Society Impact Award, která poukazuje na vliv neutronové spektroskopie pro klinický výzkum s cílem zlepšit prognózu a kvalitu života lidí s rakovinou. Klíčová je multidisciplinarita „Vždy stojíme mezi základním a klinickým výzkumem. Vyvineme-li nové léky, to, že je máme v laboratoři nikomu nepomůže,“ odpovídala Maria Marques na otázku Adama Tysona z Generálního ředitelství Evropské komise pro výzkum a inovace během závěrečného panelu, když se zeptal, s čím potřebují neutronové vědy pomoci. „Lidem z farmaceutických společností je obtížné vysvětlit výhody neutronové spektroskopie. Potřebovali bychom mít po ruce laboratoř molekulární biologie, abychom mohli být co nejflexibilnější,“ řekla Maria Marques. Maria Marques Liga evropských pokročilých neutronových zdrojů (LENS) je neziskové konsorcium, které usiluje o podporu spolupráce mezi evropskými poskytovateli neutronové infrastruktury, jejich uživatelů a posilování evropské neutronové vědy. Více informací o konsorciu LENS najdete na https://www.lens-initiative.org/ Připravila: Vlaďka Coufalová, Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR Foto: LENS