Nová metoda umožní včasnou diagnostiku rakoviny slinivky břišní
Naši vědci se významně podíleli na objevu nové diagnostické metody včasného záchytu rakoviny slinivky břišní.
Aktuality
Zajímavosti
-
CCP nabízí okamžitou podporu pro výzkum Covid-19
CCP (Czech Centre for Phenogenomics) generates rodent models related to diagnosis, treatment and prevention of the Covid-19 virus infection (e.g. several serine protease mouse mutant lines). Project proposals can be submitted by email to address ccp@phenogenomics.cz. Proposals will be evaluated and conducted with the highest priority. Available resources, services and support * Generation of rodent disease models (knockout, humanized, etc.), relevant for Covid-19 research. In particular, the CCP can offer several serine protease mouse mutant lines (Prss35, Prss12, Prss21, Prss33, Prss55, Prss37, Prss47, Prss54, Prss48, Prss44, Prss57, Klk12, Klk15, Klk11, Klk13, Klk10, Klk8, Klk5). * Standard cryopreservation and archiving services (sperms and embryos) are maintained. * Advanced secondary phenotyping pipelines relevant to lung inflammation and fibrosis (including state-of-the-art imaging, immunology, lung function). * Pre-clinical testing (lung inflammation and fibrosis models – clinical biochemistry and histopathology are conducted under GLP conditions). * Metabolomics and MALDI imaging from tissue samples and biopsies depending on capacities. Contacts General service contact – ccp@phenogenomics.cz Model generation, archiving and distribution – ccp-tam@img.cas.cz Phenotyping and preclinical service – ccp-pm@img.cas.cz CCP is a member of INFRAFRONTIER (European Research Infrastructure for Generation, Phenotyping, Archiving and Distribution of Model Mammalian Genomes) and due to the comprehensive portfolio of its expertise – from the generation of mutant models to its knowledge of and experience with analysing the functions of genes and their mutations – it has also become a member of international consortium IMPC (International Mouse Phenotyping Consortium). CCP is working together with IMPC members on the ambitious goal, which is the description of the functions of all mammalian genes. CCP is currently working also on its entry into the EurOPDX European research infrastructure. Czech Centre for Phenogenomics
-
Výzkumná infrastruktura RECETOX pomáhá v boji s Covid-19
RECETOX RI (RECETOX Research Infrastructure) supports the research in the environmental and health sciences. The core facilities include the long-term environmental and population studies, biobanking capacities, chemical and biological labs, as well as extensive environmental and population databases and information systems providing samples, data and services with a high added value. An important part of RECETOX RI activities are the educational and training programmes focused on capacity building and knowledge transfer. RECETOX RI supports implementation of newly accredited study programmes of environmental health sciences and computational biology and biomedicine educating professionals capable of working in the public health sector and contributing to development of public health policies. Teachers, students and alumni of these programmes currently support the Government of Czechia in managing the pandemic outbreak of Covid-19 by analysing, interpreting and modelling the available population data needed for development of population-protecting strategies and IT tools. RECETOX RI is also fighting the pandemic outbreak of Covid-19 by the virtual screening. The in-house software tool CaverDock can be applied for virtual screening of potential drugs against protein targets identified in the context of coronavirus pandemic. CaverDock has been developed during the last four years and is publicly available at website https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/. To the best of knowledge of RECETOX RI team, CaverDock is currently the only tool, which can computationally study the process of binding of inhibitors to protein tunnels and channels and it is sufficiently fast to allow screening of very large libraries of molecules. In this case, RECETOX RI will analyse all the FDA-approved drugs, as well as the experimental drugs, which would allow re-purposing and fast application for the treatment of the patients. Molecular targets will be selected from the structures of viral proteins, as well as human proteins known to interact with the virus. Essential computing power will be provided by the supercomputing centre of Masaryk University and research infrastructure ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information). RECETOX RI is currently coordinating EIRENE (European Environmental Exposure Assessment Network), an emerging ESFRI project to be submitted later this year with a goal of filling the identified gaps in the environmental and health area of the existing ESFRI Roadmap. Implementation of the EIRENE project will contribute to building necessary capacities for a harmonised collection, analysis and interpretation of population health data in Europe in support of future public health strategies. RECETOX Research Infrastructure
-
Cestovní mapa ESFRI 2021 – nový deadline pro předkládání návrhů projektů
Termín pro předkládání návrhů nových projektů evropských výzkumných infrastruktur aplikujících na aktualizaci Cestovní mapy Evropského strategického fóra pro výzkumné infrastruktury (ESFRI) 2021 byl z důvodu mimořádné situace vyvolané pandemií nového kmene koronaviru SARS-CoV-2 a onemocnění Covid-19 prodloužen do dne 9. září 2020. Výzva pro předkládání návrhů projektů je právě aktualizována – bez žádných dalších věcných úprav. ESFRI přijalo výše uvedené rozhodnutí v důsledku krize vyvolané pandemií nového kmene koronaviru SARS-CoV-2 a onemocnění Covid-19, jejích dopadů na každodenní život společnosti, resp. aktuálně limitovaných možností výzkumných organizací za takovýchto okolností efektivně spolupracovat na mezinárodní úrovni. Předkladatelům návrhů projektů je z tohoto důvodu poskytována dostatečná časová dotace k přípravě vysoce kvalitních návrhů projektů. „Musíme zabezpečit, aby za situace, kdy pandemie koronaviru SARS-CoV-2, resp. onemocnění Covid-19 dopadá na naše každodenní životy a výrazně limituje naše pracovní podmínky, měly všechny výzkumné infrastruktury, které připravují návrhy projektů pro aktualizaci Cestovní mapy ESFRI 2021, rovnocenné příležitosti.“, uvedl Jan Hrušák, předseda ESFRI. Prodloužení termínu pro předkládání návrhů nových projektů evropských výzkumných infrastruktur nicméně nemá dopad na ambici publikovat další aktualizaci Cestovní mapy ESFRI na podzim roku 2021. Aktualizovaný časový harmonogram milníků přípravy Cestovní mapy ESFRI 2021 a informace ze strany národních delegací do ESFRI k aplikačnímu procesu jsou připravovány a budou zveřejněny co nejdříve. Současně ESFRI sdružuje informace o specifických aktivitách výzkumných infrastruktur, co se týká jejich služeb nabízených za účelem realizace výzkumných a inovačních projektů adresujících pandemii Covid-19 a jejích dlouhodobých dopadů. Takto sesbírané informace budou brzy zveřejněny na webu ESFRI. Bližší informace o aktualizaci Cestovní mapy ESFRI 2021 jsou k dispozici na webových stránkách ESFRI a prostřednictvím národních delegací států zapojených v ESFRI. V případě jakýchkoliv dotazů neváhejte kontaktovat ESFRI na adrese elektronické korespondence roadmap@str-esfri.eu. Credit: NIAID / CC BY
-
IT4Innovations – české superpočítače jsou připraveny na boj s koronavirem
IT4Innovations Národní superpočítačové centrum Vysoké školy báňské – Technické univerzity Ostrava nabízí svým uživatelům z řad výzkumných institucí přednostní přístup ke svým výpočetním systémům, a to za účelem adresování témat souvisejících, resp. vyvolaných onemocněním Covid-19. Uchazeči, jež mají zájem této nabídky využít, mohou předkládat návrhy výzkumných projektů v rámci schématu pro „Přidělení výpočetního času rozhodnutím ředitelství“. Předložené žádosti budou schváleny obratem a rovněž jim bude významně navýšena priorita v čerpání výpočetního času. IT4Innovations Národní superpočítačové centrum poskytuje českým i zahraničním výzkumným týmům z akademické sféry i z průmyslu nejmodernější technologie a služby v oblastech vysoce výkonnostních výpočtů a datových analýz. V současné době provozuje IT4Innovations celkem 4 superpočítače: Anselm (instalován 2013, výkon 94 TFlop/s), Salomon (instalován 2015, výkon 2 PFlop/s), Barbora (instalován 2019, výkon 826 TFlops) a speciální systém pro výpočty umělé inteligence DGX-2 (instalován 2019, výkon 94 TFlop/s a až 2 PFlop/s ). V roce 2020 bude instalován rovněž petascalový systém EURO_IT4I, a to jako součást společné technologické iniciativy EuroHPC. IT4Innovations je současně výzkumným centrem se silnými mezinárodními vazbami. Stěžejními tématy výzkumu IT4Innovations jsou zpracování a analýza rozsáhlých dat, strojové učení, vývoj paralelních škálovatelných algoritmů, řešení náročných inženýrských úloh a modelování pro nanotechnologie. IT4Innovations je součástí Vysoké školy báňské – Technické univerzity Ostrava a národním HPC uzlem e-infrastruktury ČR. IT4Innovations Národní superpočítačové centrum
-
e-INFRA CZ nabízí své ICT služby pro výzkum onemocnění Covid-19
Vzhledem k aktuálním událostem týkajícím se šíření nového kmene koronaviru SARS-CoV-2 a nemoci Covid-19 nabízí česká e-infrastruktura e-INFRA CZ prioritní přístup ke svým ICT zdrojům a službám pro výzkumné projekty, jejichž cílem je zmírnění probíhající pandemie. Za tímto účelem nabízí e-INFRA CZ služby a znalosti v oblasti vzdálené spolupráce, výpočtů, ukládání dat a počítačových sítí. Nabízené služby zahrnují kapacity superpočítačů Národního superpočítačového centra IT4Innovations a dále i distribuované výpočetní zdroje MetaCentra. Úložné kapacity zahrnují řešení synchronizace na základě vlastního cloudu, služeb FileSender, přístupu k systému souborů a ukládání. Úložné kapacity jsou plně integrovány do výpočetního prostředí a nabízejí kapacity v řadách PB. Distribuované týmy mají k dispozici zdroje pro spolupráci v reálném čase s jednoduchým webovým přístupem. Služby e-INFRA CZ jsou dostupné vědcům působícím v ČR, jakož i skupinám ze zahraničí, jež přímo spolupracují s týmy z ČR. Výzkumníci, kteří potřebují zdroje nebo kapacitu, aby pomohli v boji proti šíření koronaviru SARS-CoV-2 a onemocnění Covid-19, mohou kontaktovat tým e-INFRA CZ na adrese covid-19@e-infra.cz. Zdroje superpočítačů IT4Innovations mohou být přiděleny podle popsaného postupu. Informace CESNET o Covid-19 a souvisejících službách jsou k dispozici na webové stránce. e-INFRA CZ je unikátní e-infrastrukturou pro výzkum, vývoj a inovace v ČR, která představuje plně transparentní prostředí poskytující komplexní kapacity a zdroje pro přenos, ukládání a zpracování vědeckých dat všem subjektům zabývajícím se výzkumem, vývojem a inovacemi bez ohledu na to, v jakém odvětví je provádí. e-INFRA propojuje všechny 3 národní e-infrastruktury ČR – CESNET (e-Infrastruktura CESNET), CERIT-SC (CERIT Scientific Cloud) a IT4Innovations (IT4Innovations Národní superpočítačové centrum). e-INFRA CZ – e-Infrastruktura ČR
-
CIISB – přednostní přístup pro realizaci studií na téma Covid-19
CIISB (Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii) nabízí prioritní přístup výzkumným týmům, které potřebují využít služeb a dat CIISB ve svých projektech výzkumu a vývoje, které přímo souvisejí s výzkumem koronaviru SARS-CoV-2, a projektech, které jsou zaměřeny na vývoj vakcíny proti tomuto viru či se soustředí na léčbu onemocnění Covid-19, jež vir vyvolává. Máte-li zájem o nabízený prioritní přístup, odešlete prosím návrh svého výzkumného projektu prostřednictvím online systému. Úspěšně zhodnoceným návrhům projektů budou přiděleny přístupové údaje k bezplatnému využití služeb a dat CIISB. Za poskytnuté služby nebude žádán žádný finanční příspěvek. Více informací o CIISB naleznete na webových stránkách. CIISB je distribuovaná výzkumná infrastruktura sdílených laboratoří provozovaných v rámci kapacit výzkumných a vývojových center CEITEC (Středoevropský technologický institut v Brně) a BIOCEV (Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy ve Vestci). CIISB nabízí expertízu a přístup k technologiím využívaným v oblasti integrativních metod strukturní analýzy biologicky důležitých buněčných komponent a makromolekul na různých úrovních rozlišení, a to od atomové až po buněčnou. CIISB je členem konsorcia evropské výzkumné infrastruktury Instruct-ERIC (Integrated Structural Biology Eureopan Research Infrastructure Consortium), přičemž ČR je jedním z jeho zakladatelských členských států. CIISB – Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii
-
LINDAT/CLARIAH-CZ nabízí kapacity pro boj se SARS-CoV-2 a Covid-19
Výzkumná infrastruktura LINDAT/CLARIAH-CZ a její hostitelská instituce – Ústav formální a aplikované lingvistiky Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy – nabízí svou výpočetní kapacitu pro výzkumné výpočty věnované boji s koronavirem SARS-CoV-2 a onemocněním Covid-19 v objemu ~1000 CPU po dobu 3 měsíců, počínaje 1. dubna 2020. Více informací, jak zažádat o účet a kvóty v clusteru, technickém popisu schopností clusteru (jak spouštět úlohy, přenášet data apod.) naleznete na https://covid.ufal.mff.cuni.cz. Přístup bude umožněn na základě rozhodnutí výzkumné infrastruktury při respektování pravidla „kdo dřív přijde“, pokud budou splněna výše uvedená kritéria. Výzkumná infrastruktura LINDAT/CLARIAH-CZ dále nabízí, že od 1. dubna 2020 po stejnou dobu, tj. v délce 3 měsíců, umožní neomezený* přístup ke službám zpracování textů v přirozeném jazyce. K většině těchto služeb lze získat přístup prostřednictvím rozhraní REST API, a to bez jakéhokoli ověření a/nebo autorizace. Tyto API umožňují používat nástroje pro zpracování jazyka (NLP), a to přímo z kódu nebo skriptů. Lze tak automatizovat např. analýzu příspěvků na sociálních sítích v 80+ jazycích (viz nástroj „UDPipe“), překlad do a z angličtiny do a z několika jazyků EU a další podobné služby. *Limitem je výlučně výpočetní kapacita serverů webových služeb LINDAT/CLARIAH-CZ. Při vyšším zatížení nemůžeme garantovat specifickou dostupnost. Je rovněž možné stáhnout nástroje a používat je „offline“, např. v dostupném clusteru popsaném výše, nebo kdekoli jinde. Přesné podmínky použití naleznete ve výše uvedeném seznamu služeb a nástrojů. Hlavní kontakt: Jan Hajič – hajic@ufal.mff.cuni.cz Technická podpora: Milan Fučík – fucik@ufal.mff.cuni.cz LINDAT/CLARIAH-CZ je společným distribuovaným českým národním uzlem evropských sítí výzkumných infrastruktur CLARIN ERIC (Common Language Resources and Technology Infrastructure) a DARIAH ERIC (Digital Research Infrastructure for the Arts and Humanities). Sdružuje 11 výzkumných organizací, které působí v oblastech humanitních věd a umění v ČR – v oblastech lingvistiky, historie a historické bibliografie, kultury a vědy v oblasti kultury, dějin umění, filozofie, filmové kultury, vizuálního umění, muzikologie a dějin hudby, etnologie, folkloru, archeologie a také v některých mezioborových oblastech. LINDAT/CARIAH-CZ – Digitální výzkumná infrastruktura pro jazykové technologie, umění a humanitní vědy
-
Evropské výzkumné infrastruktury v boji proti COVID-19
Výzkum týkající se testování a léčby COVID – 19 podporují také evropské výzkumné infrastruktury. Několik aktivit se již uskutečnilo a další na sebe nedají dlouho čekat. Asociace evropských výzkumných infrastruktur (ERF-AISBL) otevřela stránku ohledně konkrétní pomoci. ERIC Forum sdružující právnické osoby ERIC vystavuje novinky v reakci na COVID-19 na svých stránkách. Již tři ERICy – BBMRI-ERIC, CERIC-ERIC, INSTRUCT – ERIC nabízejí zdarma prioritní přístup výzkumným pracovníkům provádějícím výzkum ohledně COVID-19. Během týdne budou přibývat další. ERF-AISBL spolu s ERIC Forum vyzývá všechny výzkumné infrastruktury k vyplnění následujícího formuláře, a to do 27. března. Evropská komunita i Komise tak bude mít informace potřebné k vypsání případných výzev výzkumu na potlačení pandemie. Sledujte prosím stránky jak ERF-AISBL, tak ERIC Forum, neboť budou v následujících dnech a týdnech plné nových informací. Naděžda Witzanyová witzanyova@tc.cz